Занятие 7.

Ваша рабочая директория: H:\Term5\Practice7. Отчёт по заданию должен появиться к понедельнику, 25 октября.

Выясните и приведите в отчёте технические характеристики своей записи PDB:
- Разрешение.
- Число рефлексов.
- Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного).
- R-фактор.
- Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления (если эти данные приведены в записи).
- Кристаллографическая группа и тип симметрии (P, I, ...).
- Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки).
- Ортогональны ли базисные периоды?
- Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой (используемой в записи PDB)?
- Совпадает ли (по данным записи PDB) биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле? Если нет, то в чём разница?
- Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1? Если да, то приведите пример.
Вычислите относительные координаты одного из Сα-атомов своего белка.
Скачайте с сервера PDBe файл с биологической единицей записи, находящейся против вашей фамилии в таблице.
Указание: кнопка "Download other files", строка "Assemblies" в открывающейся таблице.
Создайте изображения асимметрической единицы и биологической единицы. Напишите, какую информацию о данном комплексе невозможно получить, анализируя только структуру асимметрической единицы.