Занятие 1.

Подсказки:
  1. Используя команды super, mset, mview, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание, что удобно сначала совместить белки а потом разнести в первом фрейме.
    Псевдокод:
     load 1
     load 2
     super 
     mset 
     frame 1
     translate object=2
     zoom
     mview store for scene and objects
     frame x
     translate back object=2
     zoom
     mview store for scene and objects
     mview interpolate for scene and objects
     etc ... some rolling ?
        
    Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.

    Нередко сборка ролика может быть проблемой, это вызвано разной реализацией в разных версиях PyMol. Универсальный путь это создать набор изображений в формате png. С помощью разных программ (VirtualDub и т.д.) собрать в ролик. Я на wiki выложил пример как это сделать в Linux.
  2. Cоздайте поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используйте режим Editing и манипулируйте торсионными углами. Создайте поли-аланиновую последовательность через menu->build, изменяйте структуру в режиме editing. Ctrl+RightClick выбор связи, Ctrl+LeftClick вращение.

  3. Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот.
    Узнайте значения углов phi, psi в альфа спиралях известных вам белков.
    Для понимания интеграции Python в Pymol Вам будет полезно почитать статью Александра Грушина на wiki.
    Псевдокод:
    mset
    frag ala
    python 
    for x in range(1,25):
            cmd.edit(atom)
            editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
            cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
            cmd.torsion phi
            cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
            cmd.torsion psi
    python end
    
  4. * Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Используйте как стартовую пару пару в середине цепи.
    Псевдокод:
      1 fetch perfectdna
      2 create pair
      3 create nextpair 
      4 create 1, pair
      5 python
      6 cmd.pair_fit("pair","nextpair")
      7 trans=cmd.get_object_matrix("1")
      8 for x in range(2,500):
      9     cmd.create x,x-1 
     10     cmd.transform_selection( str(x), trans, homogenous=0 );
     11 python end