Занятие 1.

Подсказки:

Используя команды super, mset, mview, translate создайте анимационный ролик (mpeg) где происходит совмещение белков и показывается место мутации. Обратите внимание, что удобно сначала совместить белки а потом разнести в первом фрейме.
Псевдокод:
```
 load 1
 load 2
 super 
 mset 
 frame 1
 translate object=2
 zoom
 mview store for scene and objects
 frame x
 translate back object=2
 zoom
 mview store for scene and objects
 mview interpolate for scene and objects
 etc ... some rolling ?
    
```
Обратите внимание на указания в object motions на pymolwiki.

Нередко сборка ролика может быть проблемой, это вызвано разной реализацией в разных версиях PyMol. Универсальный путь это создать набор изображений в формате png. С помощью разных программ (VirtualDub и т.д.) собрать в ролик. Я на wiki выложил пример как это сделать в Linux.
Cоздайте поли-аланиновую последовательность в форме валентинки. Для изменения формы используйте режим Editing и манипулируйте торсионными углами. Создайте поли-аланиновую последовательность через menu->build, изменяйте структуру в режиме editing. Ctrl+RightClick выбор связи, Ctrl+LeftClick вращение.
Напишите скрипт для построения поли-аланиновой ( Вы вольны использовать любую аминоксилоту) альфа спирали длинной 100 аминкислот.
Узнайте значения углов phi, psi в альфа спиралях известных вам белков.
Для понимания интеграции Python в Pymol Вам будет полезно почитать статью Александра Грушина на wiki.
Псевдокод:
```
mset
frag ala
python 
for x in range(1,25):
        cmd.edit(atom)
        editor.attach_amino_acid("pk1","ala")
        cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
        cmd.torsion phi
        cmd.edit(bond) e.g. atom1,atom2
        cmd.torsion psi
python end
```
* Напишите скрипт для построения B-формы ДНК длинной 100 пар нуклеотидов. Здесь есть проблемы, так заготовок для нуклеиновых кислот нет. Суть подхода состоит в определении матрицы превращения при совмещении одной пары нуклеотидов с последующей. После чего выможете размножать эту пару и применять к ней матрицу превращения. Используйте как стартовую пару пару в середине цепи.
Псевдокод:
```
  1 fetch perfectdna
  2 create pair
  3 create nextpair 
  4 create 1, pair
  5 python
  6 cmd.pair_fit("pair","nextpair")
  7 trans=cmd.get_object_matrix("1")
  8 for x in range(2,500):
  9     cmd.create x,x-1 
 10     cmd.transform_selection( str(x), trans, homogenous=0 );
 11 python end
```