Занятие 13: подсказки и советы
   

  1. К упражнению 1

    2. Используйте следующие команды:

    structure
    color structure

    В командном окне RasMol появится некоторое описание элементов вторичной структуры, но, будьте внимательны, это описание полной структуры, а вам нужно только для одной цепи.
    При выборе типа белка посмотрите презентацию.

  2. К упражнению 2: как выбирать элементы для работы

    3. Выберите в структуре
    • самую длинную спираль (желательно из 3-х и более витков),
    • самую длинную пару соседних антипараллельных бета-тяжей (желательно из 5-ти и более остатков),
    • самую длинную пару соседних параллельных бета-тяжей (> 5 остатков),
    • петлю, в которой полипептидная цепь круто разворачивается на 180°.
    Координаты выбранных элементов (т.е. номера первого и последнего остатка в элементе) занесите в протокол.

    Если сомневаетесь в своем выборе, спрашивайте преподавателей!

    Внимание!
    Если в структуре Вашего белка нет какого-либо из нужных элементов, используйте следующие структуры: 1gzx.ent (спирали) или 1bs2.ent (бета-тяжи). Файлы лежат в директории P:\y09\Term1\Practice13\Add_3D. Если Вы использовали эти структуры, а в Вашем белке есть подходящие, это будет засчитано за ошибку. Если Вы сомневаетесь в своем выборе, спрашивайте преподавателей!

    *Может оказаться поучительным исследовать сразу 3 соседних бета-тяжа в одном бета-листе.

  3. К упражнению 2: как определить множество атомов

    4. Чтобы "определить" множество (то есть дать ему название), надо выполнить команду define: 
     define name set
    где вместо name надо подставить какое-нибудь слово, не входящее в список предопределённых множеств, а вместо set - какое-нибудь выражение, задающее множество. Например, команда 
     define myset 17-41:A
    присваивает множеству всех атомов остатков с 17 по 41 цепи A имя "myset". Если после выполнения такой команды выполнить команду: 
     select myset
    то выделенным станет это множество, а, например, последовательность команд: 
     restrict myset and oxygen
 cpk 300
 color green
    оставит в графическом окне только атомы кислорода из данных остатков в виде больших зелёных шариков. Кстати, нужные Вам химические элементы именуются oxygen, nitrogen, carbon, sulphur; атомы основной цепи - backbone.

    Если команды define записаны в скрипт, то правильно вставить в тот же скрипт также и описания определяемых множеств после команды echo, чтобы, запустив скрипт, можно было увидеть в командном окне новые названия для множеств.

  4. К упражнению 3-5: как показать и как описать водородные связи

    5. Сначала задайте команду hbond. Программа определит все водородные связи в в остове полной структуры. Затем используйте команду hbonds, попробуйте:

    hbonds
    hbonds 10
    hbonds off

    Визуально определите наиболее часто встречающиеся Н-связи, запишите их в протокол в виде Н(i,j), где i - номер остатка, которому принадлежит атом кислорода, j- номер остатка, которому принадлежит атом азота. Если Вы заметили, как связаны i и j, можете написать обобщенный паттерн (и дальше ничего не выписывать).
    *При описании дополнительных Н-связей обратите внимание на С-конец спирали.

    Если вы решили рискнуть и определить паттерн водородных связей в бета-структуре, то советуем сначала создать схему, в которой пронумеровать остатки обоих бета-тяжей, начиная с их N-концов. При этом нумерацию первого тяжа запишите в виде: i, i+1, i+2.... А второго в виде - k, k+1, k+2,...:. Расположите номера остатков друг под другом в соответствии с типом бета-структуры.

    Вариант 1
    Тяж 1 : i, i+1, i+2,....
    Тяж2 : k, k+1, k+2,....
    Вариант 2
    Тяж 1 : i, i+1, i+2....
    Тяж2 : ....... k+2, k+1, k

    Вспомните, как записывают Н-связи. Разглядывая Н-связи на картинках, созданных в упр.3., соедините №№ а.о. на схеме стрелочками от атома кислорода к атому азота. Получив схему, можно подумать, каков будет обобщенный паттерн.


  5. К дополнительным упражнениям

    6. Постройте остовную модель выбранной спирали с раскраской по остаткам, подпишите №№ остатков. Рассмотрите спираль с торца, повернув ее к себе N-концом. Посчитайте среднее число аминокислотных остатков на виток (параметр n спирали). Определите, в какую сторону закручена спираль, если в правую, то перед n поставьте "+", если в левую, - "-". Определите пару атомов СА , находящихся друг под другом, выпишите их номера. Поверните спираль, измерьте расстояние между выбранными атомами (Settings=>Pick Distance, щелчок по первому атому, щелчок по второму). Запишите №№ остатков и измеренное расстояние в протокол и т.д. Вычислите смещение по оси на один остаток (параметр d спирали). Имеет смысл сделать несколько измерений. Оценить радиус так же просто нельзя, надо подумать. Допускается оценка радиуса "сверху", т.е. r < ??A.