Занятие 13. Программа MEME

  1.  

    2. В наборе гомологов вашего белка (задание 2 занятия 9) найдите мотивы (до трёх различных мотивов) программой MEME.

    Указания. 1) Создайте лист-файл с "адресами" последовательностей (см. указания к занятию 9) или же файл с самими последовательностями (не выравниванием!) в fasta-формате. 2) Запустите на kodomo-count программу ememetext следующим образом:

     ememetext @myproteins.list memeout.txt temp.fasta -nmotifs 3
    Здесь после знака "@" должно стоять название лист-файла. Если вы пользуетесь не лист-файлом, а файлом с последовательностями, знак "@" ставить не нужно.

    Просмотрите выдачу программы — файл "memeout.txt". Занесите в отчёт: 1) сколько мотивов найдено; 2) для каждого мотива: во всех ли последовательностях он нашёлся, координаты и P-value в вашей последовательности, характеристики: длину и относительную энтропию.

  2.  

    3. Откройте в GeneDoc выравнивание ваших последовательностей, полученное программой muscle. Выделите (цветом или иным образом) найденные программой MEME мотивы, сохраните msf-файл и прикрепите к отчёту. Если мотивы оказались не выровнены программой muscle, обязательно отметьте это обстоятельство.

  3.  

    4. Проведите программой MAST поиск мотивов, найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов вашего белка, взятое из Pfam (см. предыдущее занятие, упражнение 5).

    Этапы:

    • извлеките последовательности из выравнивания (то есть уберите знаки пробелов и переведите в fasta-формат) программой degapseq:
       degapseq seed.msf seed.fasta
    • запустите программу emast:
       emast -dfile seed.fasta memeout.txt mastout.html
      на вопросы программы отвечайте по умолчанию (нажатием <Enter>).
    Откройте полученный файл (mastout.html) броузером. В отчёт вставьте гиперссылку на этот файл, а также следующую информацию: 1) в скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов? 2) в скольких нашлись все мотивы? 3) соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам? (если нет, приведите пример несоответсвия).

  4. * (дополнительное)

    5. Опробуйте сервис MEME Suite (на том же или другом материале). Опишите свои впечатления, замечания, неясные моменты.