Чтобы скопировать текст из putty в буфер обмена, надо просто выделить его мышкой. После этого в каком-нибудь Word'е можно сказать Ctrl-V, и он вставится. Чтобы наоборот воткнуть что-то в putty из буфера обмена, надо щелкнуть правой кнопочкой мыши в окошке putty, там, где хотите поместить вставляемый текст.

Например, если неправильно ввели в интерактивном режиме программы EMBOSS какой-нибудь параметр и не хотите продолжать - зарубите ее, нажав Ctrl-C.

Надо просто сказать mc. На первый взгляд он очень похож на far, только какой-то корявый.

Команда "history" выдает историю команд на STDOUT. Но только она длинная и в STDOUT ее смотреть не удобно. Поэтому лучше ее перенаправить в less, сказав

history | less

Надо нажать слеш и набрать это слово. Чтобы искать следующее вхождение этого слова (например, "seqret" в истории), нужно нажать n, чтобы вернуться к предыдущему - p (ну, то есть next-previous). Чтобы выйти из less, надо нажать q. Напоминаю также, что когда вы говорите "man что-то" или "tfm что-то", то текст руководства у вас тоже показывается в less, так что слеш можно использовать.

Лирическое отступление: лет 40 назад, когда компы были большими, а оперативка маленькой, был строковый редактор ed, в котором можно было редактировать файл построчно. От него многое унаследовали строковые редакторы sed, grep и awk, быстрая смотрелка less, текстовый редактор vi/vim и дофига всего еще. Так вот, эта традиция быстрого поиска слешем работает и в less, и в vi/vim, и даже в Mozillе.

Кстати, ed благополучо дожил до наших дней и сейчас установлен на kodomo. Можете копнуть его, если интересетесь археологией. :)

Допустим, как-то вам захотелось удалить из директории все fasta-файлы, чтоб в ней остался один отчет, и вы сказали "rm * .fasta", воткнув ненароком пробел между "*" и ".fasta". Что вы тем самым сделали? Правильно, выстрелили себе в ногу :)

Напоминаю, каждый пробел - это разделитель аргументов для bash (то есть то, что до него и после для интерпретатора командной строки - это две отдельных сущности). В приведенном выше злобном примере тупой rm честно удалит оба аргумента, которые ему подали на вход, а именно "*" - все, что есть в директории (включая ваш отчет и все остальное) и ".fasta", которого в любом случае уже нет, потому что в директории ничего нет уже после стирания звездочки. В результате - стерильная директория и необходимость от начала до конца переделывать полностью сделанный практикум в 2 часа ночи.

Vim - текстовый редактор в UNIX, на первый взгляд он темный и неприветливый, а на последний - вполне дружелюбный и гораздо более навороченный и могучий, чем едва ли не любой другой. Не бойтесь чего-то о нем не знать - радуйтесь, что знаете хоть что-то, а остальное придет. :)

Vim разрешения пофигу, он как F4 в FAR или notepad - показывает то, что есть, сырой файл. Чтоб открыть в vim файл, надо сказать "vim имя_файла". Вы находитесь в нормальном режиме Vim, можете бегать курсорчиком по файлу, искать слэшем, говорить 42G (G большая), чтобы перейти на 42 строку файла и т.д. Чтобы выйти из файла, надо сказать ":q". Чтобы редактировать файл, можно нажать "i" (i маленькая), тогда можно будет писать текст. Чтобы выйти из режима редактирования в нормальный, надо нажать Escape. Если вы отредактировали файл и хотите сохранить изменения, скажите в нормальном режиме ":w" (выйти из измененного файла с ":q" нельзя - надо либо сохранить и выйти ":wq", либо выйти без сохранения ":q!").

В vim можно делать undo/redo, выделять/копировать/удалять вертикальные блоки текста как в FAR с Alt, делать сложные замены слов и строк с подстановками с помощью регулярных выражений, открывать вкладки, редактировать множества файлов, делать автодополнение текста уже встречавшимися ранее словами (Ctrl-N) вроде табулятора, удобно отображать код программ с подсветкой синтаксиса, сверткой кода по уровням вложения и поиском определений функций в других файлах...

В главном зале ГЗ на стенке есть цитата Ленина: "Коммунистом можно стать лишь тогда, когда обогатишь свою память знаниями всех тех богатств, которые выработало человечество". Так вот, одного vim хватило бы, чтобы сделать вождя мирового пролетариата беспартийным - всех его команд, кажется, не знает никто...

Ведет он их по субботам второй и третьей парами, и вы научитесь там большому количеству практически полезных вещей, если найдете время походить где-нибудь курсе на третьем. В курсе Unix речь идет не только о Unix, но и обо всяких общих принципах работы компьютера, устройстве сетей и т.д. А Python > grep + Perl + Java (проверено на собственной шкуре).