Перед началом работы проверьте свою
квоту и,
если она превышена, просто перенесите энное количество файлов
в директорию E:\Public (а после окончания работы — обратно :).
Используйте подсказки к занятиям 6–9.
Чем больше вы успеете к концу занятия,
тем выше будет оценка. Но не надо торопиться за счет снижения качества!
Подсказки
- Как получить последовательности открытых рамок?
Для вырезания своего фрагмента используйте опцию -sask
программы seqret.
Для получения последовательностей трансляций открытых рамок
используйте, как и в первом упражнении занятия 9, программу getorf.
Если что-то забыли, запустите команду
getorf -help
и изучите, что означают значения, которые можно придавать параметрам
find, table и minsize.
Если вам приятнее не сразу задавать значения
параметров в командной строке, а отвечать на вопросы программы,
можно запустить getorf с опцией -opt,
тогда программа сама спросит о значениях всех параметров (это
касается всех программ пакета EMBOSS).
- Про программы и опции пакета BLAST читайте в подсказках к
заданию 8, тексте задания 9 и
в "родном" help'е BLAST'а
(здесь
или в окне Putty, запустив blastall без параметров). Про то, как
написать и запустить скрипт, кратко написано
здесь.
- Нарисовать схему генов можно и в каком-нибудь графическом редакторе
или воспользовавшись "рисовалкой", встроенной в Word, но, как представляется,
для отчёта в HTML-формате проще и аккуратнее будет воспользоваться
тегом <PRE> и "нарисовать" всю картинку из ASCI-символов.
Кстати, если кто не знает, похожий эффект в Word'е достигается
сменой шрифта абзаца, который хочется превратить в подобного рода
"картинку", на шрифт постоянной ширины, например "Courier New".