Занятие 1.

Цель занятия: поработать с филогенетическим деревом нескольких бактерий. На следующих занятиях это дерево будет сравниваться с реконструкциями филогении по последовательностям белков. Отчёт по занятию должен появиться на сайте к утру следующего вторника (15 февраля).

Из нижеследующего списка бактерий семейства Firmicutes выберите 7–8 названий.

НазваниеМнемоника
Bacillus anthracisBACAN
Bacillus subtilisBACSU
Clostridium botulinumCLOB1
Clostridium tetaniCLOTE
Enterococcus faecalisENTFA
Finegoldia magnaFINM2
Geobacillus kaustophilusGEOKA
Lactobacillus acidophilusLACAC
Lactobacillus delbrueckiiLACDA
Lactococcus lactisLACLM
Listeria monocytogenesLISMO
Pediococcus pentosaceusPEDPA
Staphylococcus aureusSTAA1
Staphylococcus epidermidisSTAES
Streptococcus pyogenesSTRP1
Streptococcus pneumoniaeSTRPN
Thermoanaerobacter tengcongensisTHETN

Руководствуясь приведённым филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:


Приведите в отчёте: а) скобочную формулу; б) изображение; в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.

Пример отчёта

(здесь пять видов, у вас же их должно быть не менее семи).

Занятие 1

Отобранные бактерии

НазваниеМнемоника
Bacillus subtilisBACSU
Clostridium tetaniCLOTE
Lactococcus lactisLACLM
Listeria monocytogenesLISMO
Streptococcus pneumoniaeSTRPN

Скобочная формула дерева

(CLOTE,((BACSU,LISMO),(LACLM,STRPN)));
  

Изображение дерева


Ветви дерева

Дерево содержит две нетривиальные ветви:
1) {BACSU, LISMO} против {CLOTE, LACLM, STRPN}
2) {CLOTE, BACSU, LISMO} против {LACLM, STRPN}