Занятие 9.

Результаты должны быть представлены на сайте. Формат отчёта - произвольный (html, doc).
Срок выполнения заданий: 19 апреля 2011 г.
Задания со (*) - не обязательны для зачёта, но их выполнение увеличивает рейтинг

1. а) Посмотрите на структуры пяти альфа-спиральных трансмембранных белков и пяти трансмембранных бета-баррелей и охарактеризуйте наблюдаемое разнообразие.
   Используйте сервисы PDBTM и/или OPM
   Выбирайте наиболее различающиеся структуры - так интереснее :)
   б) Сравните топологию трансмембранных частей двух белков, с альфа-спиральными трансмембранными участками и с трансмембранными бета-баррелями.
   Выбор белков - произвольный из БД PDBTM .
   В отчёт включите заполненную таблицу 1.
2. Дан белок, аннотированный как трансмембранный. Используя перечисленные ниже методы, опишите его трансмембранные участки.
   Результат должен быть представлен
   (i) в файле с выравниванием в формате msf, в котором размечены трансмембранные участки и внеклеточные и внутриклеточные фрагменты;
   (ii) в отчёте.
   Методы предскзания:
   • По аннотациям записи Uniprot.
   • С помощью программы предсказания трансмембранных спиралей по последовательности (сервис TMHMM )
   • Сравнением с гомологом с известной пространственной структурой
   • (*) Сравнением с несколькими гомологами по последовательности.
3. Сравните предсказание TMHMM с предсказанием по структуре гомолога, считая последнее истинным. Заполните табл.2 и приведите ее вотчёте.
4. (*) В структуре гомолога проверьте правило "positive inside" для трансмембранных белков.
5. (*) Найдите "код транспортера" данного вам белка в соответствии с БД TCDB

Табл.1 PDB код Число цепей Тип (спираль, баррель) Число трансмембранных участков в цепи Число остатков в одном трансмембранном участке (типичное, минимальное, максимальное) (*) Толщина мембраны в ангстремах (расстояние между атомами на границах трансмембранных участков перпендикулярно мембране

Табл.2   Число а.к. остатков Всего а.к. остатков в последовательности   Остатки, предсказанные TMHMM как локализованные в мембране (всего)   Правильно предсказали - совпадают с 3D предсказанием (true positives, TP)   Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным 3D таковыми не являются, false positives, FP)   Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным 3D не находятся в мембране, true negatives, TN)   Не предсказали то, что нужно (остатки по данным 3D находятся в мембране, false negatives, FN)   Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)   Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)    Точность(precision) = TP /(TP+FP)   Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)   Недопредсказание = FN / (TN+FN)