Материалы к занятию 3

Задания выполняются в FAR manager

В зачетные задания войдут результаты заданий 3, 4, 5.

  1. В директории для практикума 3 создайте файл для ведения протокола.

    Имя файла: XXXXXXX_pr3.doc где XXXXXXX – ваша фамилия латинскими буквами. Протокол всегда начинается с даты; откройте файл программой Word и запишите дату.
    Для того, чтобы открыть этот файл, щелкните мышкой в FAR. Когда откроется – сразу же сохраните его как документ Word!!!

  2. Зайдите на kodomo через удаленный доступ, используя Putty

    Выведите на рабочий стол иконку программы Putty. Это одна из многочисленных программ, позволяющих соединяться с удалёнными компьютерами по протоколу ssh. Putty можно найти в меню: Start >Program>Base. Щелкните по имени найденного файла правой кнопкой мыши, выберите "Create shortcut" и согласитесь создать иконку на Desktop. Сохраните в Putty имя сервера и протокол для связи чтобы впредь не набирать каждый раз. Для этого в окошке “Host name” наберите имя сервера kodomo.fbb.msu.ru, в окошке "Saved sessions" - краткое имя сервера, например, kodomo, в меню "Connection type" выберите "SSH", “Port” 22, и нажмите кнопку "Save". Зайдите на сервер. Для этого выделите имя сервера => Load => Open. В появившемся окне введите свои login и пароль - те самые, под которыми вы заходите на компьютеры класса.

    Если все сделано правильно, перед Вами появится приглашение ввести команду - несколько слов и знак $. Это значит, что Вы можете работать на компьютере kodomo в операционной системе Linux.

    1. Выполните команды (см. ниже) на сервере kodomo.

           echo  "Hello, world"
     echo  "Hello, world" XXXXXXX 
                          (XXXXXXX – ваша фамилия латинскими буквами)
     echo  “Best Regards”  >> XXXXXXX

    2. Найдите файл XXXXXXX на диске H и прочтите его содержимое

    3. Определите и внесите в протокол полное имя (включая путь) своей директории на сервере kodomo

      Сравните список файлов в этой директории со списком файлов на диске H. Комментарии внесите в протокол.
      Используйте команды 
          pwd
    pwd  >>  XXXXXXX
	ls 
	ls  -R 
    ls  –R >> XXXXXXX

  3. Загадайте число i от 1 до 38.

    Cкачайте в свою директорию файл bird_i.jpg из директории /tmp/birds/ сервера kodomo. Откройте его. При желании, можно поменять на другой.
    В FAR: <Alt+F2> и в правой панели выберите WinSCP. <Shift+F4> и в меню укажите: 
    	“Host name”: kodomo.fbb.msu.ru
	“User name”: ваше
	“Password”:  можно указать, а можно и не указывать – спросит!
    Проверьте, что отмечен протокол ”SFTP”, <Enter> => “Ok” – чтобы запомнить адрес, по дороге у вас узнают под каким именем запомнить этот адрес. Щелчком по этому имени заходите на удаленный компьютер, в данном случае – kodomo. Ищете нужный файл в указанной директории и копируете к себе в директорию Practice3 на диске H.

  4. Сохраните в своей директории “хромосомные таблицы” указанной бактерии.

    • Выберите <FTP> в одной из панелей FAR (команда <Alt+2>). Создайте соединение с директорией ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/integr8/chromosome_tables на сайте European Bioinfarmatics Institute (команда <Shift+F4>, укажите адрес, сохраните).
    • Соединитесь с директорией.
    • Найдите файлы, относящиеся к данному Вам виду, используя выделение с заданной маской (команда <+> на ПРАВОЙ части клавиатуры; отмена – <-> там же; пример маски:
      *E_coli* где * маскирует любой набор символов)

      Название файла с хромосомной таблицей устроено так:

      AE005174.E_coli_EDL933.Chromosome.CP.gz
AE005174  - идентификатор записи в банке данных
E – первая буква родового названия (Escherihia)
coli  - видовое название
EDL933 – код штамма бактерии
Chromosome – значит, это хромосома, а не плазмида
CP - расширение разархивированного файла
gz  - fрасрр расширение, говорящее что файл заархивирован
Для бактерий Frankia sp и Dehalococcoides sp название файла включает Frankia_sp и Dehalococcoides_sp, соответственно.
    • Для того, чтобы выделенные файлы оказались в верхних строчках панели: <Shift+F12>
    • Если для вашего вида имеется несколько штаммов, то выберите один и отмените выделение для тех, которых вы не берете. Идентификатор штамма в названии файла идет после второго символа “_”.

  5. Определите и сохраните в протоколе длину последовательности вашего белка.

    На сервере kodomo перейдите в директорию Practice2, в которой лежит файл с вашей последовательностью: 
    cd   Term1/Block1/Practices/Practice2
                                          (cd – от Change Directory)
    Проверьте, что получилось: 
      pwd
    Выполните команду: 
    infoseq  my_protein.fasta –only -length

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2010

Cеместры Студенты Преподаватели