Занятие 3.

Срок выполнения заданий — 28 февраля 2012 г.

  1. Укоренение в среднюю точку
  2. Укорените в среднюю точку дерево, построенное при выполнении задания 7 предыдущего занятия методом neighbor-joining.

    Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии?

    Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?

    Воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:

    Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева и опишите его (в какую ветвь произошло укоренение, можно ли это укоренение счиать правильным, может быть, ещё какие-то наблюдения).

  3. Использование внешней группы
  4. Реконструируйте программой fprotpars укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве внешней группы — белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).

    Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями белков фирмикут последовательность белка из кишечной палочки. Это удобнее всего сделать на kodomo командой

    seqret sw:xxxx_ecoli stdout >> sequences.fasta
    
    (вместо "xxxx" надо подставить мнемонику функции белков, по которым вы строили деревья, а вместо "sequences.fasta" — имя файла с невыровненными последовательностями, заранее скопированного в рабочую директорию).

    Затем надо построить выравнивание всех последовательностей, отредактировать имена (оставив только мнемонику видов) и результат подать на вход программе fprotpars. Полученное дерево лучше обработать программой retree, указав в качестве действия "select an Outgroup", а в качестве номера — тот, что программа retree присвоит листу ECOLI (смотрите внимательно на монитор!).

    Вставьте в отчёт изображение (можно вместе с листом ECOLI; но можно, прежде чем получать изображение дерева, отредактировать скобочную формулу вручную, убрав внешнюю группу). Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).

  5. Бутстрэп
  6. Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя программу fprotpars. Этапы работы: Приведите в отчёте (как преформатированный текст) дерево из выходного файла программы fconsense (не скобочную формулу, а дерево "нарисованное" ASCII-символами, с числами, означающими поддержку ветвей). Опишите свои наблюдения (в частности, улучшилась ли реконструкция филогении по сравнению с результатом fprotpars на исходном выравнивании?) Проанализируйте в выходном файле ветви, не получившие большинства (описаны в виде последовательностей точек и звёздочек). Есть ли среди них верные и какова их поддержка?