Занятие 12. PSI-BLAST

  1.  

    2. Проведите итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей. Первые три последовательности имеют в Swiss-Prot номера доступа P18196, P0A832, P17265; четвёртая – последовательность Вашего белка.

    При поиске (см. указания), кроме банка поиска (Swiss-Prot) и программы (PSI-BLAST), измените ещё значение параметра "Max target sequences" с 500 на 5000, остальным параметрам оставьте значения по умолчанию. Выполните до пяти итераций, пока появляются новые последовательности выше порога на E-value 0,005; если же и после пятой итерации список не стабилизировался, можно на этом остановиться.

    Заполните таблицу и напишите краткие выводы: как ведут себя итерации PSI-BLAST для этих последовательностей? Что (на качественном уровне) можно сказать о "разрыве" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога: как он меняется от итерации к итерации в каждом из случаев?

    ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
    Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
                     
                     
                     
                     

    Рекомендуется также проследить за изменениями значения E-value у самой лучшей находки (т.е., поданного на вход белка) и у какой-нибудь "средней" находки (например, той, которая при первой итерации была чуть выше порога).

     

  2.  

    3. Для той последовательности, для которой список не стабилизировался после пятой итерации, проведите поиск снова, изменив порог с 0,005 на 0,001. (Для разнообразия можно воспользоваться сервисом PSI-BLAST на EBI: http://www.ebi.ac.uk/Tools/psiblast/, где порог 0,001 стоит по умолчанию). После каждой итерации обращайте внимание на описания находок выше и ниже порога и на значения e-value.

    На какой итерации теперь стабилизировался список? Постарайтесь объяснить, почему это произошло при пороге 0,001 и не произошло при пороге 0,005.

    Как вы думаете, какое максимальное значение порога в данном конкретном случае можно поставить, чтобы итерации вели себя так же, как при пороге 0,001?