- Укоренение в среднюю точку
Укорените в среднюю точку одно из деревьев, построенных при выполнении задания 4
предыдущего занятия
методом neighbor-joining.
Почему это не имеет смысла делать с деревьями, построенными методом UPGMA?
К сожалению, программа MEGA по не совсем понятным причинам отказывается переукоренять
деревья, построенные JalView. Поэтому воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:
- Скопируйте файл retree.exe с диска P в свою рабочую директорию.
- Скопируйте файл с деревом в Newick-формате
в файл с именем intree (именно так, без расширения!)
- Запустите retree (из командной строки Windows; например можно в Far manager
навести курсор на файл retree.exe и нажать <Enter>)
- Постарайтесь сами разобраться, как работать с программой retree.
Для этого внимательно читайте то, что появляется в окне.
Нужное вам действие — укоренение в среднюю точку ("Midpoint root the tree").
Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева, сделанное программой MEGA, и опишите его
(в какую ветвь произошло укоренение, можно ли это укоренение считать правильным, может
быть, ещё какие-то наблюдения).
- Использование внешней группы
Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить
в среднюю точку (почему?). Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы.
Реконструируйте методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных вами бактерий,
используя в качестве внешней группы белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).
Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями
белков фирмикут последовательность белка из кишечной палочки, после чего выровнять их вместе.
Затем надо отредактировать имена
(оставив только мнемонику видов) и результат импортировать в программу MEGA.
Далее нужно в меню Subtree выбрать Root и указать в качестве корня ветвь, ведущую к ECOLI.
Наконец, чтобы получить изображение укоренённого дерева без ECOLI, нужно воспользовавться кнопкой
"Show Subtree Separately" (изображение голубой лупы на фоне дерева на левой панели окна MEGA),
Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева.
Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).
- Бутстрэп
Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя
один из методов, доступных из прграммы MEGA.
Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny"
выберите "Bootstrap method". Укажите число реплик, равное 100.
Отличаются ли деревья, названные "Original tree" и "Bootstrap consensus tree"?
Если да, приведите изображения обоих и укажите, какое из них ближе к правильному
(близость определяется по числу общих ветвей).
Верно ли, что неправильные ветви (если они присутствуют в полученной реконструкции)
имеют меньшую поддержку, чем правильные?