Занятие 5. Классификация ферментов (EC)

Срок выполнения заданий — утро 19 марта 2013 г.

В таблице найдите против своей фамилии идентификатор Swiss-Prot человеческого фермента. В заданиях этот фермент будет называться "ваш фермент".

  1. Сбор информации о своем ферменте

    1. Определите EC-код своего фермента.
    2. Расшифруйте EC-код и переведите на русский активность, соответствующую каждому из четырех чисел кода.
      Указание. Можно воспользоваться сайтом "Enzyme Nomenclature" (NC-IUBMB, ищите Google'ом) или БД "LENZYME" (доступна через SRS на EBI). В последней, в записи, соответствующей вашему коду, в поле "Class" описаны класс, подкласс и подподкласс.
    3. Приведите схему реакции, катализируемой вашим ферментом.

  2. Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

    3. С помощью SRS выясните, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по EC, сколько — с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с вашим ферментом три уровня классификации и сколько — все четыре.

  3. Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

    1. С помощью SRS получите список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е., первое число) классификации EC совпадает с таковым вашего фермента.

      Полученный результат сохраните в виде двух файлов, в одном должны быть последовательности в Fasta-формате, в другом — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код. Укажите в отчёте, сколько всего белков нашлось, у скольких из них совпадает с вашим подкласс по EC (второе число), у скольких — также и третье, у скольких — вся классификация.

      Указание. Чтобы сохранить из SRS таблицу с EC-кодами, нужно ещё на странице "Query page" указать в разделе "Create a view" поле "ECNumber" для отображения. При сохранении нужный вам вариант будет в окошке "Save with view" стоять по умолчанию (и нижним, если раскрыть меню). Не забывайте указывать, что вам нужно сохранить все находки, а не 30!

    2. Пользуясь программой blastp, найдите среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с вашим ферментом. Порог по e-value поставьте с запасом (например, равный 1 или даже оставьте по умолчанию, т.е. 10). Укажите, сколько всего белков нашлось и сколько из них, по вашему мнению, можно считать достоверными гомологами.
    3. Создайте таблицу, которая бы отражала, насколько сохраняется функция (т.е. подкласс, подподкласс и порядковый номер EC) в зависимости от позиции находки в выдаче blastp. Таблицу можно сформировать в HTML-формате или сделать в Excel и прикрепить к отчёту.