Занятие 10. Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.

Рабочая директория — H:\Term2\Block3\Practice10.
Формат отчета — HTML-страничка со ссылкой со страницы второго семестра.
Срок — утро дня следующего занятия.

Упражнение 1. Опишите доменную архитектуру данного вам белка в соответствии с банком Pfam.

В отчёт вставьте таблицу по следующему образцу:

Доменная структура белка XXXX_BACSU по данным Pfam

Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением)	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF00218	IGPS	Семейство доменов названо по названию фермента индол-3-глицерофосфатсинтетазы, фермента, катализирующего четвёртый этап биосинтеза триптофана...	4–252	Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF)
2.

Упражнение 2. Выберите один из доменов вашего белка и приведите следующие данные о нем

• Во сколько разных архитектур входит домен?
• Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?
• Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)?
  По ссылке "Stuctures" найдете нужную информацию.
• Сохраните выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену.
  Меню "Alignments", выберите формат MSF, Seed (а не Full — все последовательности), "Generate", сохраните выравнивание и присоедините к отчёту.
• (*) Оцените в отчёте достоверность этого выравнивания: по вашему мнению, подтверждает ли это выравнивание гомологичность доменов ? (см. презентацию).

Упражнение 3. Выберите доменную архитектуру, в которой присутствует два или более разных домена. Опишите, как часто и в каких организмах встречаются домены по отдельности.

• Как выбрать доменную архитектуру: варианты.
  – Ваш белок включает два домена или более — выбирайте его доменную архитектуру.
  – Проверьте, в какие доменные архитектуры входит единственный домен вашего белка. Как правило, одна из них — подходящая; берите ее. Щелчком по домену попадаете на страничку домена. В меню сверху выбираете "Achitecture".
  – Если и этот способ не сработал, то возьмите любой другой белок (например, выданный другому студенту, см. список)
• Приведите изображение архитектуры из Pfam. Для анализа встречаемости доменов в организмах достаточно взять любые два домена из выбранной архитектуры
• Как узнать число последовательностей с данным доменом в таксоне.
  – Откройте страничку домена.
  – Перейдите по ссыке "Species", далее — "Tree".
  – Выберите "Expand to depth" = 2
  – Разберитесь, где и что указано, и заполните таблицу, аналогичную приведенной ниже. (Зелёные растения называются "Viridiplantae", животные — "Metazoa", остальные названия переведите сами).
• Результаты о встречаемости доменов в таксонах представьте в виде таблиц, см. ниже образец.
• В кратком резюме сделайте вывод о распространенности доменов.

Представленность домена PFxxxx в организмах разных таксонов

Упражнение 4. Сравните описание мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro.

• Как называется самый короткий мотив? В каком банке он описан?
• Как называется самый длинный мотив? В каком банке он описан?
• Какие структурные подписи интегрированы в InterPro?
• Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam? Если да, то как?