Занятие 1

Из нижеследующего списка бактерий отдела Firmicutes выберите 7–8 названий.

Название	Мнемоника
Bacillus anthracis	BACAN
Bacillus subtilis	BACSU
Clostridium botulinum	CLOB1
Clostridium tetani	CLOTE
Enterococcus faecalis	ENTFA
Finegoldia magna	FINM2
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Lactobacillus delbrueckii	LACDA
Lactococcus lactis	LACLM
Listeria monocytogenes	LISMO
Staphylococcus aureus	STAA1
Staphylococcus epidermidis	STAES
Streptococcus pyogenes	STRP1
Streptococcus pneumoniae	STRPN

Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуйте дерево выбранных вами организмов:

Приведите в отчёте:
 а) скобочную формулу дерева;
 б) изображение дерева;
 в) список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев.

Напоминание: мы называем ветвь нетривиальной, если она разбивает множество листьев на подмножества, в каждом из которых более одного элемента.

В представлениях дерева удобно пользоваться краткими мнемоническими обозначениями видов (правая колонка таблицы). Но если вы будете их использовать, в отчёте обязательно должна присутствовать их расшифровка, то есть таблица отобранных видов с указанием мнемонического обозначения каждого вида.

Совет по созданию изображения. Можно, конечно, нарисовать дерево в каком-нибудь графическом редакторе. Но рисунок получится красивее, а вы сэкономите усилия, если поступите следующим образом. Нарисуйте дерево ручкой на бумаге. Затем создайте файл со скобочной формулой (имя файла должно иметь расширение .tre) и откройте его программой MEGA.

Пример отчёта

Занятие 1 Отобранные бактерии Название Мнемоника Bacillus subtilis BACSU Clostridium tetani CLOTE Lactococcus lactis LACLM Listeria monocytogenes LISMO Streptococcus pneumoniae STRPN Скобочная формула дерева (CLOTE,((BACSU,LISMO),(LACLM,STRPN))); Изображение дерева Ветви дерева Дерево содержит две нетривиальные ветви: 1) {BACSU, LISMO} против {CLOTE, LACLM, STRPN} 2) {CLOTE, BACSU, LISMO} против {LACLM, STRPN}