Занятие 3.

Укоренение в среднюю точку

Укорените в среднюю точку одно из деревьев, построенных при выполнении задания 4 предыдущего занятия методом neighbor-joining.

К сожалению, программа MEGA по не совсем понятным причинам отказывается переукоренять деревья, построенные JalView. Поэтому воспользуйтесь программой retree пакета PHYLIP. Для этого:

• Скопируйте файл retree.exe с диска P в свою рабочую директорию.
• Скопируйте файл с деревом в Newick-формате в файл с именем intree (именно так, без расширения!)
• Запустите retree (из командной строки Windows; например можно в Far manager навести курсор на файл retree.exe и нажать <Enter>)
• Постарайтесь сами разобраться, как работать с программой retree. Для этого внимательно читайте то, что появляется в окне. Нужное вам действие — укоренение в среднюю точку ("Midpoint root the tree").
Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева, сделанное программой MEGA, и опишите его (в какую ветвь произошло укоренение, можно ли это укоренение считать правильным, может быть, ещё какие-то наблюдения).

Использование внешней группы

Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку (почему?). Однако можно воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. Реконструируйте методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных вами бактерий, используя в качестве внешней группы белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).

Подсказка: необходимо добавить к файлу с невыровненными последовательностями белков фирмикут последовательность белка из кишечной палочки, после чего выровнять их вместе.

Затем надо отредактировать имена (оставив только мнемонику видов) и результат импортировать в программу MEGA. После реконструкции дерева нужно в меню Subtree выбрать Root и указать в качестве корня ветвь, ведущую к ECOLI. Наконец, чтобы получить изображение укоренённого дерева без ECOLI, нужно воспользовавться кнопкой "Show Subtree Separately" (изображение голубой лупы на фоне дерева на левой панели окна MEGA),

Вставьте в отчёт изображение укоренённого дерева. Опишите результат (по образцу предыдущего пункта).

Бутстрэп

Проведите бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя один из методов, доступных из программы MEGA. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выберите "Bootstrap method". Укажите число реплик, равное 100.

Отличаются ли деревья, названные "Original tree" и "Bootstrap consensus tree"? Если да, приведите изображения обоих и укажите, какое из них ближе к правильному (близость определяется по числу общих ветвей). Верно ли, что неправильные ветви (если они присутствуют в полученной реконструкции) имеют меньшую поддержку, чем правильные?