Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2011

Практические занятия к курсу "Молекулярное Моделирование Биополимеров"

Новые варианты лекций вместе с исходной разметкой в LaTex можно посмотреть тут: http://vsb.fbb.msu.ru/rhodecode/mm_course_lectures

Правила сдачи зачёта

Связи с тем, что практикум предполагает использование суперкомпьютера и время доступа ограничено, то ожидается, что к этому моменту студенты будут знакомы с материалом. Для достижения этого результата необходим контроль за исполнением заданий. Итак:

Можно запускать ipython notebook на kodomo и иметь доступ через браузер:

Для оптимального предоставления отчетности предлагаю использовать ipython notebook, для удаленной работы в котором на kodomo надо:

в Putty:

/home/preps/golovin/progs/bin/ipython.bash

затем в браузере: kodomo.cmm.msu.ru:432XX где 432XX цифры из консоли

Жду рациональных предложений по улучшению курса.


Результаты практической работы

Результаты доступны в виде google таблицы. Из таблицы видно как оцениваются задания.

google sheet



1. Знакомство с Pymol

13 февраля 2015, А.В.Головин. [задания] [презентация]

2. Работа Pymol

20 февраля 2015, А.В.Головин. [задания] [подсказки]

3. Cеми-эмпирические вычисления: Mopac

27 февраля 2015, А.В.Головин. [задания]

4. Abinitio вычисления для нафталина и азулена

5 марта 2015, А.В.Головин. [задания]

5. Вычисление ковалентных и нековалентных параметров для молекулярной механики

12 марта 2015, А.В.Головин. [задания]

7. Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS

19 марта 2015, А.В.Головин. [задания]

8. Молекулярная динамика биологических молекул в GROMACS

26 марта 2015, А.В. Головин [задания]

9. Анализ молекулярной динамики биологических молекул в GROMACS

2 апреля 2015, А.В. Головин [задания]

10. Гомологичное моделирование комплекса белка с лигандом

9 апреля 2015, А.В. Головин [задания]

11. Докинг низкомолекулярных лигандов в структуру белка

16 апреля 2015, А.В. Головин [задания]

12. Макромолекулярный докинг

23 апреля 2015, А.В. Головин [задания]

13. Расчёт энергии сольватаци димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP.

30 апреля 2015, А.В. Головин [задания]

14. Пример использования трехмерного QSAR анализа для предсказания активности низкомолекулярных соединений в отношении данного белка.

7 мая 2015, А.В. Головин [задания]

15. Журнальный клуб, обсуждение заданий

14 мая 2015, А.В. Головин

16. Зачёт

21 мая 2015, А.В. Головин