Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2012

Семестр II. Последовательности белков

Расписание (проект)

Результаты (Только для студентов этого года и преподавателей!)

Описания команд Unix и bash, написанные студентами

Описания команд EMBOSS, написанные студентами

Блок 1: Банки данных

1. Опять linux!

Д.Алексеевский, А.Алексеевский

[задания] [справка по unix]

2. Uniprot

А.Алексеевский, О.Занегина

[презентация] [задания] [подсказки]

3. SRS

О.Занегина, А.Алексеевский

[презентация] [задания]

4. PubMed

Е.Аксянов, А.Алексеевский

[задания]

Блок 2: Выравнивание белковых последовательностей

[13.05.2013] [UPDATE] [ДД] Вывешиваю вопросы к зачету по моим практикумам, там же примерный порядок проведения зачета. Проверила задания у тех, кто сообщил до воскресения. Несколько человек из приславших в воскресение, увы, не спела проверить, но сделаю это за понедельник. Автоматы по зачету по блоку указаны в таблице. Обратите внимание: прием всех остальных заданий происходит на зачете.

5. Парное выравнивание белков

Д.Диброва, А.Алексеевский

[презентация] [задания] [подсказки] [подсказки по JalView] [скрипт evolve_protein.pl]

6. Алгоритмы парного выравнивания

Д.Диброва, А.Алексеевский

[презентация] [задания] [подсказки]

7. Программа BLAST

Ю. Пеков, С. Спирин

[презентация] [задания] [подсказки]

8. Множественное выравнивание

Д.Диброва, А.Алексеевский

[презентация] [задания] [подсказки]

[01.05.2013] [ДД] С днем Труда, дорогие студенты. В рамках помощи уже потрудившимся и намеревающимся потрудиться на праздниках я собрала комментарии к нескольким частым ошибкам при выполнении практикума №8.

Блок 3: Семейства белков

9. Паттерны и банк PROSITE

А.Алексеевский

[задания] [подсказки] [презентация]

10. Банк семейств белковых доменов Pfam

О.Занегина, А.Алексеевский

[презентация] [задание]

11. Частичное множественное выравнивание: MEME и MAST

А.Алексеевский

[презентация] [задания]

12. PSI-BLAST

А.Алексеевский

Занятие в группе 101 (той, у которой биоинформатика в пятницу) состоялось в понедельник 29 апреля, в 17:20.

[презентация] [задания] [подсказки]

13. Зачёт

15 мая и 17 мая 9:00-11:00