| |
|
|
Пространственная структура PYRF_BACSU (PDB ID 1DBT)
Заголовок структуры:
LYASE
Название структуры:
CRYSTAL STRUCTURE OF OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
2 DECARBOXYLASE FROM BACILLUS SUBTILIS COMPLEXED WITH UMP
В документе представлены следующие цепи макромолекул:
| Идентификатор цепи | Число остатков | Название молекулы | Комментарии |
| A | 239 | OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE | Число остатков, записанное в файле PDB
не совпадает с числом остатков, отображаемым в RasWin |
| B | 239 | | |
| C | 239 | | |
В документе представлены следующие низкомолекулярные вещества:
| ID | Название | Формула | Число молекул | Комментарии |
| U5P | URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
(УРИДИН-5'-МОНОФОСФАТ) | C9 H13 N2 O9 P | 3- по 1-й в каждой цепи | |
| H2O | Water(Вода) | HOH | 226 | |
Структура белка в RasMol
Скрипт для RasMol
5 задание
1)Аппроксимируем белок цилиндром.
Расстояние LYS225B.NZ-GLU137C.OE1 обозначим h(цилиндра)
h=110.98A
Расстояние ASN54A.ND2-GLN171B.NE2: обозначим d(основания цилиндра)
d=58,29A
V=h*pi*(d/2)^2
V=h???(d/2)^2
V(молекулы)=296007,345(A)^3
V(Клетки)=1,57(?m)^3=1,57*10^12(A)^3
Количество молекул белка V(клетки)/V(молекулы)= 1,57*10^12(A)^3 /296007.345=5303922 штук
2)N(всего)/n(кол-во типов)=5303922/4400=1205(молекул)
3)Средняя длина волны света ?=600(nm)
Предел разрешения 300(nm)
Площадь видимого объекта 9*10^4(nm)^2=9*10^6(A)^2
Площадь проекции белка (прямоугольником) 58,29*110,98=6469(A)^2
Количество молекул белка, образующих видимый объект = 9*10^6(A)^2/6469(A)^2=1390
6 задание
Скрипт: Restrict asn:A
ChemSketch – это программа для создания эскиза и она не учитывает взаимодействие между остатками аминокислот в полипептиде
|
