Blast

1. Поиск гипотетических гомологов белка в разных банках

Результаты поиска гипотетических гомологов белка NRDI_BACSU

  Поиск по Swiss-Prot Поиск по PDB Поиск по "nr"
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
Accession P50618.1 1RLJ_A NP_389619.1
E-value 5e-72 4e-73 1e-70
Вес (в битах) 268 268 268
Процент идентичности 100% 100% 100%
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено?
(число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) 		38 1 164
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1)
Номер находки в списке описаний 93 4 403
Accession Q97T03.1 3N39_C ZP_04782244.1
E-value 0.13 2e-14  
Вес (в битах) 35.0 73.9 0.99
% идентичности 36% 83% 53%
% сходства 29% 36% 29%
Длина выравнивания 156 153 153
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 62-109 93-140 1-109 21-139 23-92 35-112
Число гэпов 0 10 (8%) 8 (10%)

Комментарии
-исходный белок удалось найти в Swiss-Prot и "nr', а его структуру в PDB
-число явных гомологов (E-value < 1e-10) при поиске по разным БД различается - больше всего в "nr", т.к. там содержатся все известные записи о белках
-PDB - 23, E-value 7.9; SwissProt - 96, E-value 7.7; "nr" - 100, E-value 6e-13. PDB и SWISSProt лимитирован E-value=10, а "nr' - предельным размером выдачи, заданным по умолчанию - 100.

2. Поиск гмпотетических гомологов белка с фильтром по таксонам

Лучшый гомолог -ribonucleotide reductase stimulatory protein, найденный в организме Streptococcus pyogenes
Accession Q1JIB1.1
E-value 1e-12
Вес (в битах) 67.4
% идентичности 83%
% сходства 38%
Длина выравнивания 162
Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) 1-109
4-122
Число гэпов 10/119(8%)

3. Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.

Выравнивание BLAST Оптимальное полное выравнивание needle Оптимальное частичное выравнивание water
Оптимальное частичное выравнивание полностью совпадает с выравниванием BLAST, когда оптимальное полное - длиннее. Вес оптимального частичного выравнивания больше на 3.5, чем вес выравнивания в BLASTP, когда вес оптимального полного выравнивания - меньше на 2.5. Вес частичного выравнивания в любом случае больше полного, т.к. оно лучше выровнено и в нём меньше гэпов.