Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания
1.Вес выравнивания
| D | E | M | D | H | V | - | D | T | - | P | F | V | L | V | T | Y | T | T | N | F | G |
| D | H | K | P | C | V | H | D | T | L | P | - | V | L | V | T | Y | T | T | V | F | G |
| 6 | 0 | -1 | -1 | -3 | 4 | -12 | 6 | 5 | -12 | 7 | -12 | 4 | 4 | 4 | 5 | 7 | 5 | 5 | -3 | 6 | 6 |
Вес выравнивания 30
При использовании программы Stretcher получился данный результат:
# Length: 21Вес при ручном выравнивании и полученный вес отличается из-за различия в гэпах. У полеченного выравнивания на два гэпа меньше, что говорит о его стремлении к максимальному весу, а не к максимальной идентичности.
# Identity: 13/21 (61.9%) # Similarity: 13/21 (61.9%) # Gaps: 1/21 ( 4.8%) # Score: 40 # # #======================================= 10 20 seq1 DEMDHV-DTPFVLVTYTTNFG : : :: ::::::: :: seq2 DHKPCVHDTLPVLVTYTTVFG 10 20
Выравнивния с помощью needle и water
Needle# Length: 148 # Identity: 46/148 (31.1%) # Similarity: 74/148 (50.0%) # Gaps: 26/148 (17.6%) # Score: 185.5
Water
# Length: 113 # Identity: 41/113 (36.3%) # Similarity: 64/113 (56.6%) # Gaps: 8/113 ( 7.1%) # Score: 186.5
a.Частичное выравнивание:
NRDI_SILST 5-117
NRDI_BACSU 4-108
b. Локальное выравнивание совпадает с "ограничениями" глобального на данные участки
c. Больший вес имеет частичное выравнивание (186.5 к 185.5 полного)
Вес оптимального глобального выравнивания при тех же параметрах не может быть большевеса оптимального локального выравнивания, т.к. при глобальном выравнивании появятся гэпы, уменьшающие вес.