MEME

1.Поиск мотивов программаой MEME

Во всех ли последовательностях нашелся?
всего 10		 Координаты в последовательности NRDI_BACSU P-value NRDI_BACSU Длина мотива E-value мотива
во всех шести 60-109 4.24e-47 50 1.9e-069
только в трёх: NRDI_SHIBS, NRDI_KLEP7, NRDI_WIGBR - - 49 1.7e-030
во всех 44-58 5.85e-14 15 3.2e-006

2.Сравнение блоков (частичных выравниваний), найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle


1й Мотив - малиновый цвет.
2й Мотив - синий цвет.
3й Мотив - рыжий цвет.
У MEME выравнивание по блокам и не обязательно всех последовательностей белков.

3.Поиск найденных мотивов в других последовательностях

MAST

1)В скольких последовательностях нашёлся каждый из мотивов?
87/87 , нашелся каждый из мотивов
2)В скольких нашлись все мотивы?
Нет, все мотивы не встретились нигде
3) соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам?
В общем, соответствует