Множественное выравнивание последовательностей
1.Muscle и GeneDoc
Выравнивание с помощью команды muscle -in delta.fasta -out delta_alignment.fasta
Определенный цвет обозначает процент сходных остатков в таблице:
Фиолетовый - 100%
Малиновый - 80%
Светло-малиновый - 60%
Каждый двадцатый столбец отмечен номером, каждый десятый - звёздочкой.
Функционально консервативные позиции образуют группы 1:DN, 2:EQ, 3:ST, 4:KR, 5:FYW, 6:LIVM.
Снизу больими буквами отмечены консервативные остатки, малыми консервативные остатки в столбцах, где процент от 80% до 100%.
Сбоку справа - номер остатка конца строки
2.Выравнивание набора гомологов белка nrdi_bacsu
При помощи Blast нашлось немного гомологов, из них я выбрала:NRDI_STACT
NRDI_DEIRA
NRDI_SHIBS
NRDI_KLEP7
NRDI_WIGBR
Функционально консервативные позиции в моём выравнивании образуют 1.DN, 2.EQ, 3.ST, 4.KR, 5.FYW, 6.LIVM. При прибавлении консервативных позиций DE, количество позиций не изменилось.
Участки, где выравнивание не имеет биологического смысла: 53-57, 119-125, 129-133 (связано с различной длиной выравниваемых последовательностей и, следовательно, большим числом гэпов). Чаще всего всречаетя 6 группа.
