Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro

1.Опишите доменную архитектуру данного вас белка в соответствии с БД Pfam

Доменная структура белка NRDI_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
(по-русски! и желательно с кратким пояснением)		 Положение в последовательности белка XXXX_BACSU Клан
1. PF07972 Flavodoxin_NdrI NrdI похожий на Флаводоксин 4-113 Клан Flavoprotein (CL0042) (всего 7 членов)

2.Домен моего белка

1.Во сколько разных архитектур входит домен?
Домен входит в 3 архитектуры.

2.Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?
для 830 белков

3.Для какого числаразных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)?
Для 2 белков

4.Выравнивание "seed"
фрагмнтов белков, соответствующих домену


3.Описание доменных архитектур, в которых присутствует два или более разных доменов.

Представленность домена PF09313 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PFxxxxxx.
Эукариоты Зеленые растения 1
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 1
Археи 0
Бактерии 335
Вирусы 0

Представленность домена PF07972 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PFxxxxxx.
Эукариоты Зеленые растения 0
Грибы 0
Животные 0
Остальные эукариоты 0
Археи 0
Бактерии 717
Вирусы 7

4.Определение в скольких разных белках Bacillus subtilis встречаются домены, представленные в моём белке

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PF07972 2: P50618,P68524
2. PF09313 0

5.Приведите не менее трёх примеров разных доменных перестроек

Домен PF07972. Встречается на N-конце последовательностей.
1. Только этот домен
NRDI_AGRT5


2. Встречается в сочетании с разнми доменами и насодится на N-конце последовательности
Q2NKA1_AYWBP.



Домен PF09313. Часто встречается на С-конце последовательностей, но первая по встречаемости архитектурная перестройка состоит только из этого домена
1.Только этот домен
Q8VPL7_SALEE


2.Встречается в сочетании с разными доменами и находится в середине последовательности
D1RFB1_LEGLO