Паттерны и банк ProSite
1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей
Информация о паттернах выбранного фрагмента
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | L-L-L-G-V-A-A-S-G-N-K-V-W-G | 2 | Не все, только NRDI_BACA2 и NRDI_BACSU |
| Сильный | [LFM]-[LI]-[RKL]-G-V-[VIA]-[AG]-[SA]-G-[SN]-[YKR]-[HNV]-[WF]-G | 41 | да, все |
| Слабый | G-V-X(0,1)-[AG]-[SA]-G-[SN]-X(0,1)-X(0,1) | 637 | все |
Чем слабее паттерн, тем большая вероятность найти все белки (из списка)
2.Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке NRDI_BACSU
| Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
| Например, | ||||||
| PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | Сайт N-гликосилации | паттерн | N-{P}-[ST]-{P} | неспецифична | 1 |
| PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | неспецифична | 2 |
| PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфариляции сазеин-киназы II | паттерн | [ST]-x(2)-[DE] | неспецифична | 2 | PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфариляции протеин-киназы C | паттерн | [ST]-x-[RK] | неспецифична | 2 |