Psi-Blast

1.Итеративный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей.

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
P18196 MINC_ECOLI 5 162 0.005 0.006 886 2e-06 0.15
P0A832 SSRP_ECOLI 2 514 3e-10 5.6 514 5e-31 0.36
P17265 RP5M_RHIME 4 14 0.001 0.005 25 9e-15 0.14
P50618 NRDI_BACSU 7 88 0.002 0.12 282 0.001 0.019

Для своего белка после 7 итерации список последовательностей не стабилизировался.

2.

При извенении порога E-value с 0.005 до 0.001 список стабилизировался на третей итерации. D связи с уменьшением критического E-value число гомологов также уменьшилось. Чтобы итерации вели себя так же, как при пороге 0,001 можно поставить значение порога 0,002, тогда список стабилизируется на 4 итерации.