Геномные браузеры
EnsEMBL
Для начала я познакомилась с геномным браузером под названием EnsEMBL, что читается как "ансамбль". Должна отметить, хорошее названиее, приятно употреблять при разговоре.Чтобы узнать данный геномный браузер, я воспользовалась сервисом "BLAST/BLAT", запросив поиск последовательности одного из экзонов гена человека, полученного в заданиях 2-3. Первое, что бросилось в глаза, это возможность ввода данных четырьмя различными способами, большое количества организмов для поиска по ним и, конечно, "чувствительность" поиска, т.е. возможность устанавливать различные параметры. На выходе мне была предложена таблица, в которой была указана разнообразная информация, например, E-value, Lenght, конец и начало последовательности, а так же изображение расположения гена в хромосоме. Мне данный вид вывода информации показался достаточно удобным и привлекательным, потому что дополнительно к общей информации к каждой последовательности прилагаются ссылки на дополнительные материалы.
Что интересно, в данном геномном браузере есть ссылка "Config view", которая открывает Вашему взору три картинки. На первой показано расположение участка в хромосоме, вторая же картинка дает более подробное описание этого участка. Здесь хромосому представляют голубые и синие полоски, которые являются контигами. Третья картинка предоставляет информацию о генах: название, процент CG пар, например.
Еще один интересный факт об EnsEMBL - это BLOG. Факт того, что этот геномный браузер поддерживает связь с такими всемирными социальными сетями, как Blogger, Twitter и Facebook автоматически ставит "Ансамбль" на более высокий уровень практичности и интереса.