Saturu Kodomo

Самостоятельная работа по аннотированию участка генома.

Дано: неаннотрованный участок генома бактерии Streptococcus pneumoniae (штамм TIGR4 ctg00822).

Задача: определить, где в данном фрагменте закодированы белки, похожие на известные белки родственной бактерии (сенной палочки).

Схематичное положение на данном фрагменте открытых рамок, для которых нашлись сходные последовательности в геноме B. subtilis

Указан номер рамки и идентификатор самого близкого из найденных белков.

 

5'----[=> ORF 3 (MENF_BACSU), 2124-3842]-----[=> ORF 6  (GLK_BACSU), 5602-6594]-----------------3'

3'----------------------------------------------------------------------------------------------5'

Сравнение взаимного расположения предполагаемых генов данного фрагмента и гомологичных им генов в геноме B. subtilis.

Положение в геноме сенной палочки:

MENF_BACSU     3152302..3153717

GLK_BACSU      2570606..2571571

В геноме сенной палочке эти гены находятся на большом расстоянии, и такое положение, скорее всего, не консервативное.

А ещё они идут в обратном порядке, сначала GLK, а потом MENF