Главная
Проекты
Семестры
Заметки
Обо мне
4 Семестр
Ссылки
Официальный Сайт МГУ
Официальный сайт ФББ
Сервер Kodomo
Моя почта
1.Выбор домена
Чтобы реконструировать эволюцию доменной структуры, был выбран домен CagX
| AC | ID | Функция | Доменный архитектуры |
|---|---|---|---|
| PF03524 | CagX | Белки V системы секреции, участвующих в конъюгации. | 1580 последовательностей, содержащих 10 архитектур |
2. Выбор архитектур
Из представленных на сайте архитектур были выбраны две:
| Домены | Число представителей | Характеристики других доменов |
|---|---|---|
CagX+CagX |
54 | - |
SLT+CagX |
19 | SLT - белки II, III, IV систем секреции бактериофагов |
3. Выбор таксона
Таблица с представителями домена Выравнивание последовательностей домена, разбитое на группы по доменным архитектурам, раскрашенное по консервативности (12%) внутри групп.
Построение филогенетического дерева по выраниванию
Было построено дерево методом UPGMA - укорененное, имеющее молекулярные часы.
Проанализировав полученное дерево, было замечено, что обе архитектуры эволюционировали параллельно( желтый - архитектура CagX+SLC; коричневый - CagX+CagX). Так как архитектуры были представлены только в двух организмах ( архитектура CagX+SLC в Burkholderia, а CagX+CagX в Helicodacter), то можно сказать, что дерево разделилось по таксонам.