1. Сбор информации о своём ферменте

Мне бы выдан белох PERL_HUMAN
КодРасшифровкаФерментативная активность
1Oxidoreductases (Оксидоредуктазы) Катализирует реакции, лежащие в основе биологического окисления и сопровождающиеся переносом электронов с одной молекулы (акцептора протонов или донора электронов) на другую (донора протонов или акцептора электронов).
1.11 Acting on the CH-OH group of donors (В качестве донора CH-OH группа В роли акцептора выступает перекись
1.11.1 Peroxidases (Пероксидазы) Катализируют внутримолекулярный перенос фосфата с одной позиции на другую.
1.11.1.7 peroxidase(Пероксидаза) Катализирует реакцию: phenolic donor(фенольный донор) + H2O2 = 2 phenoxyl radical (2 фенольных радикала) of the donor + 2 H2O

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

С помощью SRS необходимо выяснить, сколько белков человека являются ферментами с тем же классом по ЕС, сколько - с тем же классом и подклассом, сколько имеют общие с вашим ферментом три уровня классификации и сколько - четыре.
EC код Число записей в SW
1.* 571
1.11.* 24
1.11.1.* 23
1.11.1.7 4

3. Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными послеовательностями?

С помощью SRS я получила списов всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс (т.е. первое число) классификации ЕС совпадает с таковым маего фермента.
Всего было найдено 549 белков, из них по второму числу совпало 21, по третьему 20.
С ЕС=1.11.1.7 нашлось всего 2 бела: PERE_MOUSE и PXDN_MOUSE. Файл с fasta последовательностями Таблица с ЕС кодами
Далее я выполнила поиск гомологов PERL_HUMAN при e-velue = 10 (самом слабом): 
makeblastdb -in mouse.fasta -out prot -dbtype prot 
blastp -query perl_human.fasta -db prot -evalue 10 -out prot_c.out
В выдаче оказалось 10 белков. Из них первые 4 можно считать гомологами, так как в остальных случаях выравнены лишь короткие фрагменты.
Sequences producing significant alignments Score (Bits) E-Value EC
PERM_MOUSE 704 0.0 1.11.2.2
PERE_MOUSE 695 0.0 1.11.1.7
PERT_MOUSE 526 4,00E-177 1.11.1.8
PXDN_MOUSE 466 7,00E-149 1.11.1.7
PGH1_MOUSE 56.2 1,00E-09 1.14.99.1
PGH2_MOUSE 47 6,00E-07 1.14.99.1
IVD_MOUSE 25.8 2.2 1.3.99.10
AKCL2_MOUSE 25.4 2.8 1.1.1.263
PRDX2_MOUSE 24.6 3.6 1.11.1.15
CP51A_MOUSE 24.6 5.6 1.14.13.70