1. Определение таксонов

При помощи таксономического сервися NCBI я определила, к каким таксонам относятся отобранные мной в прошлос задании бактерии. Это отображено в таблице ниже:

Название Мнемоника Таксономия
Bacillus anthracis BACAN cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
Enterococcus faecalis ENTFA cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Geobacillus kaustophilus GEOKA cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
Lactobacillus delbrueckii LACDA cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Lactococcus lactis LACLM cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Listeria monocytogenes LISMO cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria
Staphylococcus epidermidis STAES cellular organisms; Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus

2. Из данного списка функций белков я выбрала одну: EFG (Elongation factor G).

Далее из банка Swiss-Prot получаем последовательности белком с данным фактором элонгации: 
seqret sw:efg_lacda
Затем при помощи кманты cat объединяем все полученные последовательности в один файл: 
cat efg_bacan.fasta efg_entfa.fasta efg_geoka.fasta efg_lacda.fasta efg_laclm.fasta efg_lismo.fasta efg_staes.fasta  > all_bacteria.fasta
При помои программы muscle выравниваем полученные последовательности: 
muscle -in all_bacteria.fasta -out alignment_all_bacteria.fasta
Полученное выравнивание открываем в программе JalView и представляем в "блочной" форме с блоками шириной в 100 остатков и раскраской по проценту идентичности:


проект JalView и fasta последовательность.

3. Реконструкция филогенетического дерева

Далее я реконструировала филогенетическое дерево 4мя методами, доступными из JalView.

1. Average Distance Using % Identity

Полученное дерево Правильное дерево
Выделяется ветвь LACDA
(Bacan, GEOKA, LISMO, STAES)vs(LACDA, ENTFA, LACLM) у правильного дерева против
(BACAN, GEOKA, LISMO) VS (LACDA LACLM, ENTFA) у полученного дерева
2. Neighbour Joining Using % Identity

Полученное дерево Правильное дерево
Особенность Neighbor-joining такова, что при построении деревьев данным методом, ни получаются неукорененными. Также он оценивает длины ветвей, хотя они иногда и получаются отрицательными.
(GEOKA, BACAN, LISMO, STAES) vs (LACDA,ENTFA, LACLM,) у правильного дерева против
(GEOKA, BACAN, LISMO) vs (LACDA, STAES, LACLM, ENTFA) у полученноо дерева
3. Average Distance Using BLOSUM62

Полученное дерево Правильное дерево
Деревья одинаковы
4. Neighbour Joining Using BLOSUM62

Полученное дерево Правильное дерево
Деревья одинаковы

4. Реконструкция филогенетического дерева методом Maximum Parsiоny

Полученное дерево Правильное дерево
Полученное дерево отличается от правильного на несколько нетривиальных ветвей, например: 
{ENTFA, LACLM, LACDA, STAES}vs{GEOKA, LISMO, BACAN}
против у правильного дерева: 
{LACDA, ENTFA, LACLM}vs{BACAN, GEOKA, LISMO, STAES}
(BACAN, GEOKA) VS (LISMO, STAES, LACDA, ENTFA, LACLM) у правильного дерева против
(BACAN, LISMO) vs (GEOKA, STAES, LACDA, LACLM, ENTFA)