1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

В данном задании необходимо построить филогенетическое дерево тех же бактерий, что и в предыдущих заданиях, использую последовательность РНК малой субъединицы рибосомы (16S rRNA).
Название Мнемоника AC записи EMBL Координаты РНК Цепь
Bacillus anthracis BACAN AE017334 29129..30635 Прямая
Enterococcus faecalis ENTFA AE017334 248466..249987 Прямая
Geobacillus kaustophilus GEOKA BA000043 10421..11973 Прямая
Lactobacillus delbrueckii LACDA CR954253 45160..46720 Прямая
Lactococcus lactis LACLM AM406671 45160..46720 Прямая
Listeria monocytogenes LISMO AM406671 99187..100732 Обратная
Staphylococcus epidermidis STAES AE015929 1598006..1599559 Обратная

Далее надо вырезать нужные участки из записи EMBL:
seqret -sask
Далее, отвечая на вопросы seqret, надо ввести названеи файла ****.embl, начало и конец, а так же комплиментарна ли цепь.
Я поместила последовательность в один файл и отредактировала его, оставив только мнемонику видов. Затем необходимо провести выравнивание отобранных последовательностей белков.
muscle -in all.fasta -out align_all.fasta
Получила выравнивание в fasta формате.
Затем я открыла его в программе MEGA и построила дерево методом Neighbor joining:
Полученное дерево Исходное дерево
Видно, что в отличие от изначального дерева, у полученного образовалась новые нетривиальные ветви: 
{LACLM; LACDA}vs{STAES; BACAN; GEOKA; LISMO; ENTFA};
{STAES; BACAN}vs{GEOKA; LISMO; ENTFA; LACLM; LACDA};
{STAES; BACAN; GEOKA}vs{LISMO; ENTFA; LACLM; LACDA};

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Необходимо найти в выбранных бактериях достоверные гомологи белка CLPX_BACSU и построить дерево этих гомологов.
seqret sw:clpx_bacsu
Далее, воспользовавшись файлом proteo.fasta, я создала базу данных для поиска гомологов: 
formatdb -i proteo.fasta -p T -n base
А затем провела поисз гомологов: 
blastall -p blastp -d base -i clpx_bacsu.fasta -e 0.001 -o blastp.out
Затем из полученного и отредактированного файла выбрала нужные белки
Далее я создала лист-файл со списком идентификаторов.
Необходимо получить последовательности в fasta формате, поэтому я выполнила следущую команду: 
seqret @my_hom.list my_hom.fasta
а затем выровняла полученные последовательности 
muscle -in my_hom.fasta -out align_my_hom.fasta
Полученное выравнивание я открыла в программе MEGA и реконструировала методом Neighbor joining.


Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они 1) из разных организмов и 2) разделение их общего предка на линии, ведущей к ним, произошла в результате видообразования

Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами

Некоторые ортологи: 
CLPX_BACSU, CLPX_BACAN 
Q1GBN8_LACDA, Q5L3T1_GEOKA
Некоторые парологи:
HSLU_GEOKA, CLPX_GEOKA
CLPX_LISMO, HSLU_LISMO