1. Построить профиль домена по выравниванию и найти всех представителей в банке Uniprot/Swissprot

1. Подготовила выравнивание в формате msf, убрав символы возврата строки при помощи программы noreturn пакета EMBOSS
2. Добавила вес последовательностям в выравнивание следующим образом: 
pfw ali-n.msf > ali-w.msf
ali-w.msf
3. Далее я создала профиль: 
pfmake ali-w.msf /usr/share/pftools23/blosum62.cmp > ali-fin.prf
ali-fin.prf
4. Затем создаем нормализованный профиль (нормализация позволяет выбрать универсальный порог веса находки).
pfsearch -C 10 -f ali-fin.prf /srv/databases/uniprot/sprot_shuffles.fasta | sort -nr > score-fin.txt 
pfscale scores.txt align.prf > scaled.prf
score-fin.txt
scaled.prf
5. Нашла в SwissProt всех представителей домена, используя поиск по профилю: 
 pfsearch -C 5.5 -f scaled.prf /srv/databases/uniprot/sprot.fasta | sort -nr > scores1.txt
scores1.txt
6. Полученный файл scores_1.txt я проанализировала по находкам PFAM. был построен график весов находок pfsearch и ROC-кривая.


Если судить по первому графику, то порог нормализованного веса в моем случае равен 200.
Проанализировав результаты, можно сделать вывод, что профиль хороший, так как было сделано 4 ошибки первого рода и 1 ошибка второго рода.
Таблица Excel с результатами