Краткая информация о белке
Мне был дан ген из прокариотической системы секреции - Q9RPX6| Название | Организм | Система | KEGG ID |
| Type IV secretion system protein virB9 | Brucella suis biovar 1 | Может быть необходим для репликации | BRA0061, BS1330_II0061 |
В данной записи я искала идентификаторы GO белка, и нашла только один:
DR GO; GO:0009405; P:pathogenesis; IEA:UniProtKB-KW.
| Идентификатор GO | Онтология | Значение | Описание |
| 0009405 | Biological Process (Биологический процесс) | Патогенез | The set of specific processes that generate the ability of an organism to cause disease in another. (Группа процессов, генерирующих способность организма заражать другой организм) |
Определение функциональной роли белка в системе
Секреторная система IV типа (T4SS)- это бековый комплекс, который пронизывает внещнюю и внутреннюю мембраны бактерий. Обычно T4SS состоит из 12 взаимодействующих VirB/D мембранных белков. Ядерный комплекс T4SS состоит из 14 копий взаимодействующих VirB7, VirB9 и VirB10, которые формируют комплекс. Белки T4SS взаимодействуют в бактериальной мембранне, благодаря чему другие белки могут распознаваться Т- и В- клетками. [1]
Поиск гомологов белка в геномах других бактерий
На SEED нашла необходимый ген и, пройдя по ссылке нашла графическое окно с изрбражением ортологов из разных геномов:
Отберем 10 ортологов из ранзых геномов. Параметры: Number of Regions- 50, E-value cutoff - 1e-6.
Красная стрелка обозначает VirB9. Во всех случаях он был аннотирован одинаково и отнесен к нужной системе. Из картинки хорошо видно, что белок под номером 5 встречается во всех ортологах, 4 находится во всех ортологах, кроме A. punctata HGB, как и номер 3, который встречается везде, кроме как в V. fisheri ES1.