Умения - D1



D1: определение вторичной структуры

DSSP

Выдача DSSP
По данным сервиса DSSP в белке 1RLJ есть альфа-спираль 105-122 а.о. При этом, в аннотации файла PDB альфа-спираль помечена в районе 104-123 а.о. На рисунке 1 изображена пространственная структура белка 1RLJ в модели cartoon, где розовым помечена граница альфа-спирали по DSSP.


Рис. 1. Структура белка 1RLJ, розовым помечена альфа-спираль по данным сервиса DSSP.

В структуре белка 1RLJ есть 1 бета-лист, состоящая из параллельных бета-тяжей (рисунок 2). По данный аннотации PDB, входящие в его состав тяжи - это участки 3-6 а.о., 24-27 а.о., 38-42 а.о., 65-72 а.о. и 95-100 а.о., а данные DSSP совпадают.


Рис. 2. Структура белка 1RLJ, розовым помечем бета-лист.

Sheep

При помощи сервсиса Sheep я построила карту бета-листа (рисунок 3).



Рис. 3. Карта бета-листа, белок 1RLJ, сервис Sheep.

А на рисунке 4 можно видеть бета-лист, по которому была построена эта карта.



Рис. 4. Белок 1RLJ, бета-лист.

Столбцу 3 в карте соответствует хребет, содержащий аминокислоты под номерам 26 5 40 68 95 (на рисунке 5 они изображены в модели sticks и из С-альфа атомы изображены сферами).


Рис. 4. Белок 1RLJ, аминокислоты хребта в бета-листе, С-альфа атомы в виде сфер.

В случае моего белка, сам по себе бета-лист является гидрофобным ядром. Поскольку бета-тяжи параллельны, все радикалы одного хребта (одной колонки в карте листа) направлены в одну сторону, а между соседними хребтами происходит чередование: остатки четкных хребтов направлены в одну сторону, нечетких в другую (рисунок 6)


Рис. 6. Белок 1RLJ, в бета листе показаны С-бета атомы, указывающие на расположение радикалов, относительно бета-листа.