Умения - D3
D3: Совмещение гидрофобных кластеров
Я запустила сервис Clud и поиграла с разными порогами. Лучший результат получился при значении порога расстояния 4.7 (порог размера кластера равен 3). Представленная структура триозофосфатизомеразы (PDB ID: 8TIM) имеет гидрофобные участки внутри параллельного бета-бочонка в составе тим-барреля (рисунок 1).
Рис. 1. Белок 8TIM, годрофобные участки в виде сфер.
На рисунке 2 изображен фрагмент антитела в комплексе с антигеном, бежевым и зеленым отображены две цепи - легкая и тяжелая. При параметрах Clud 5.4 и 3 выявляется, например, один из кластеров (атомы кластера на рисунке изображены голубыми сферами). Эта область соответствует контакту между легкой и тяжелыми цепями, образование комплекса между которыми обеспечивается гидрофобными взаимодейтвиями.
Рис. 2. Белок 3WIH, годрофобный участок в виде сфер.