Умения - D4
Pymol
Мне был дан димер пуринового репрессора с ДНК (PDB ID: 1ZAY). При помощи программы Pymol были созданы следующие изображения:
Рис. 1. Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера.
Рис. 2. Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт
Рис. 3. Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.
CluD
При помощи сервиса CluD, необходимо было определить гидрофобные кластеры объёмом не менее 10 атомов на интерфейсе мономеров белка в том же комплексе.
Рис. 4. 1ZAY; Поверхность гидрофобных кластеров.