Оценка качества 3D структур



Странности в PDB файлах

Необходимо найти и объяснить странности в нескольких PDB файлах. Я выбрала три:

1. PDB файл 7GPB

Триптофаны 67 в 4х мономерах гомотетрамера (Рисунок 1). Ароматическое кольцо триптофана должно быть плоским.

Рис. 1. 7GPB

2. PDB файл 5RXN

Все треонины (Рисунок 2). Нормальный треонин - (2S, 3R), а этот - (2S, 3S). По-моему, в этой электронной плотности и обычный треонин вполне вписывается. Также, хиральностью обладает боковой радикал изолейцина.


Рис. 2. 5RXN

3. PDB файл 2B5A

Боковые цепи остатков глутамина 21 из 4х копий одного и того же белка (Рисунок 3). Электронная плотность в данном случае не может интерпретироваться однозначно, поэтому в структуре показаны 2 альтернативные конформации глутамина 21 цепи C. В секции ATOM PDB файла названиям альтернативных атомов предшествуют буквы A и B.


Рис. 3. 2B5A

Сравнение коэффициента заполнения и температурных факторов структур с разным разрешением

Структура 3WVM - разрешение 0.88А. Из 1287 534 атома с коэффециентом заполнения <1 (это составляет 41%). Медиана по b-фактору - 6.4.
Структура 7GPB - разрешение 2.9A. Медиана по b-фактору - 29.76. Атомов с коэффециентом заполнения <1 нет.

Таким образом, у структуры с меньшим разрешением больше атомов с коэффициентом заполнения <1, а температурный фактор меньше.