ЯМР. Многомодельные PDB-файлы. Биологический единицы.
Запись PDB, полученная методом ЯМР
Выбрана структура 2MES. Разрешена методом ЯМР и опубликована в 2014 году. В файле PDB представлено 10 моделей. 2 цепи, в цепи А более 600 остатков. На рисунке 1 изображены GLU'54 цепи А, а также ARG'74 цепи А. В модели 1 расстояние между кислородами глутамата и одним из азотов аргинина составляет меньше 3,5А.
Рис. 1. Структура 2MES. Модель 1. GLU'54 и ARG'74 цепи А
На рисунке 2 также изображены GLU'54 цепи А, а также ARG'74 цепи А. Однако, модель 4, в которой боковые радикалы этих остатков повернуты в разные стороны.
Рис. 2. Структура 2MES. Модель 4. GLU'54 и ARG'74 цепи А
Биологические единицы.
Выбрана структура 3ZCX. На рисунке 3 зеленым и розовым показаны ассиметрические единицы. Между собой они соединены довольно большим количеством водородных связей.
Рис. 3. Структура 3ZCX. Ассиметрические единицы.
На рисунке 4 изображены водородные связи между ASP'286 цепи А одной ассиметрической единицы и ARG'201 цепи А другой.
Рис. 4. Структура 3ZCX. Водородные связи между ASP'286 и ARG'201 цепей А ассиметрических единиц.