Электронная плотность. Рассеяние на электроне



1. Выбор структуры белка


Для проведения дальнейшей работы я выбрала, как и предлагалось, белок NRDI, с которым я работала ранее. Информацию о нем можно найти на этой странице.
Выбранный белок удовлетворяет следующим требованиям:
1. На сервисе EDS присутствует PDB-код, а значит в PDB присутствует не только модель, но и экспериментальные данные.
2. При помощи сервиса PDBeFold я проверила, что имеются подходящие структурные гомологи белка (PDBeFold => launch => Query - PDB код, в таблице с находками должно быть 5 или более разных белков с RMSD (оценка сходства) от 0.8 до 2.5 ангстрем и N_align (число сопоставленных С_alpha) от 50% до 90%.
Структура белка изображена на рисунке 1.


Рис. 1. Структура NRDI_BACSU

2. Структурные факторы


Далее я скачала из PDB модель и файл структурных факторов. Между данными файлами отсутствует соответствие, т.к. PDB-фвйле содержится число атомов, а файл структурных факторов содержит результаты эксперимента, в нем отражено число рефлексов.
Для каждого структурного фактора можно увидеть сделующие данные: 
 
																		

	Crystal_ID		Wavelength_ID		Scale_group_code		h		k		l		Status		F_mean		F_sigma	


	1		1		1		0		0		6		o		120.420		2.02000	


	1		1		1		0		0		-6		o		123.970		2.20000	


	1		1		1		0		0		9		o		71.7300		1.59000

Изображение электронной плотности


С сервера EDS я скачала файл с электронной плотностью (карта формата О и 2mFo-DFc). Необходимо оценить качество модели пространственной структуры.

Я построила электронную плотность заданного мне белка. По моему мнению структура разрешена достаточно хорошо. На рисунках 2 и 3 изображена структура и электронная плотность белка NRDI_BACSU на срезе 1 и 2 соответственно.



Рис. 2. Структура и электронная плотность NRDI_BACSU, срез на уровне 1



Рис. 3.Структура и электронная плотность NRDI_BACSU, срез на уровне 2


Для более детального исследования электронной плотности различных по типу аминокислот я выбрала небольшой участок полипептидной цепочки с 59 по 61 а.о. включительно, содержащие аминокислоты глутамат, лизин и тирозин. Я изучила срезы электронной плотности на уровнях 0.5, 1.5, 2.5, во всех случаях структура достаточно хорошо вписывается в электронную плотность (рисунки 4-6 соответственно).



Рис. 4. Структура и электронная плотность аминокислотных остатков, срез на уровне 0.5



Рис. 5. Структура и электронная плотность аминокислотных остатков, срез на уровне 1.5



Рис. 6. Структура и электронная плотность аминокислотных остатков, срез на уровне 2.5