Кристаллическая ячейка. Восстановление кристалла.
3HDD
В данном задании необходимо работать с ДНК-белковым комплексом 3HDD, с разрешением 2,2 А. На рисунке 1 изображена структура, где зеленым цветом отмечена цепь А, розовым - цепь B, а оранжевым - две цепи ДНК.
Рис. 1. Структура ДНК-белкового комплекса 3HDD.
"На краю" двойной спирали ДНК находится белковая цепь B (на рисунке 1 и далее помечена розовым цветом). Чтобы найти водородные связи этой цепи с ДНК из соседних ячеек, я использовала команду symexp (восстановила прилежащией к этой цепи ячейки).
symexp sym, 3HDD, chain b, 5На рисунке 2 изображены соединенные с цепью B кристаллографические ячейки, которые отстоят от цепи B не более, чем на 5 А.
Рис. 2. Структура ДНК-белкового комплекса 3HDD и ДНК цепи соседних ячеек, находящихся на расстоянии не более 5 А.
На рисунке 3 желтым цветом отмечены водородные связи, которые образует цепь B c ДНК из двух соседних ячеек.
Рис. 3. Структура ДНК-белкового комплекса 3HDD и водородные связи между цепью B и ДНК из соседних ячеек
Как пример, на рисунке 4 показан контакт аминокислоты Аргинина и фосфата одной из цепей ДНК.
Рис. 4. Контакт ARG и фосфата одной из цепей ДНК
1RLJ
Те же действия были проведены с моим белком 1RLJ.
На рисунке 5 изображен белок 1RLJ и все его соседи в кристаллических ячейках, которые оказались к нему ближе, чем на 5 А. Сам белок показан розовым цветом, соседи - зеленым.
Рис. 5. Структура белка 1RLJ и белки из соседних кристаллических ячеек, находящиеся ближе, чем 5 А
На рисунке 6 изображен белок 1RLJ, который контактирует сам с собой в соседних кристаллических ячейках. Контактирующие остатки изображены в модели sticks. Среди взаимодействий преобладают водородные связи.
Рис. 6. Контакты между соседними кристаллическими ячейками белка 1RLJ