Задание 1.
Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов (по-русски! и желательно с кратким пояснением) |
Положение в последовательности белка ENDOA_BACSU | Клан |
| 1. | PF02452 | PemK | PemK-like protein PemK подобный белок. PemK является ингибитором роста E.coli, который связывается с промоторной областью оперона PEM, автоматически регулируя синтез. PemK является частью системы токсин-антитоксин PemK-PemI. Семейство состоит из белка PemK в добавление к ChpA, ChpB, Kid и MazF. |
4–111 | не описан |
Задание 2. Домен PF02452
1. Домен входит в 3 разных архитектуры
2. Последовательность известна для 1952 белков
3. Пространственная структура определена для 3 разных белков
4. Выравнивание "seed" фрагментов белков, соответствующих домену
Задание 3.
Была выбрана архиткура D4K1F9_9FIRM (D4K1F9),содержащая 2 домена:
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF02195.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 28 |
| Грибы | 28 | |
| Животные | 31 | |
| Остальные эукариоты | 4 | |
| Археи | 115 | |
| Бактерии | 4707 | |
| Вирусы | 48 | |
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF02452.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | - |
| Грибы | - | |
| Животные | - | |
| Остальные эукариоты | - | |
| Археи | 36 | |
| Бактерии | 1907 | |
| Вирусы | 11 | |
Оба домена представленны преимущественно в белках бактерий, однако PF002452 отсутствует у эукариот, в то время как PF02195 имеется у 91 белка (примерно равное кол-во у зеленых растений, грибов и животных).
Задание 4.
Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis
| № | PFAM ID | Bacillus subtilis |
| 1. | PF02452 | 2 последовательности: D4G5E4_BACNA и ENDOA_BACSU |
Задание 5.
Единственный домен моего белка - PemK (PF02452)- имеет всего 3 варианта доменной организации:
Поэтому я решила рассмотреть домен ParBc (PF02195).
1. Зажатый между разными доменами и в одном.
C7M6P2_CAPOD 
A3IAU2_9BACI 
2. Свободный, С-концевой и сросшийся, обрезанный N-концевой.
Q324U2_SHIBS 
Q28JH6_JANSC 
3. Повторяющийся и одиночный
A2ST08_METLZ 
O29009_ARCFU 