Задание 1.
Было найдено 3 мотива.
Для первого мотива (7 послед): координаты (по Endoa_Bacsu) 11-45, P-value=1.2e-36, width = 35, E-value = 4.3e-081
Для второго мотива (5 послед): координаты (по Endoa_Bacsu) 51-100, P-value=1.60e-51, width = 50, E-value = 5.7e-086
Для третьего мотива(5 послед): координаты (по Endoa_Bacsu) 102-116, P-value=2.55e-15, width = 15, E-value = 2.4e-011
Задание 2.
Мотвы выделены цветом. Выравнивания МЕМЕ и muscle одинаковы. Лишь во 2 мотиве отсутствуют гэпы, так как мотив строился по 5 последовательностям, а гэп получился из-за оставшихся 2.
Задание 3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях
Мотивы, найденые программой МЕМЕ в последовательности домена PemK (PF02452) Все 3 мотива не найдены ни в какой из 307 последовательностей. Первый мотив обнаружен в 214 последовательностях. Второй мотив - в 108 последовательностях. Третий в 1 последовательности.
Пример несоответствия выравнивания, взятого из Pfam, мотивам:
B8D0W7_HALOH/4-111
LENGTH = 108 COMBINED P-VALUE = 2.02e-58 E-VALUE = 6.2e-56
DIAGRAM: 7-[1]-5-[2]-11
[1] [2]
3.1e-34 2.0e-32
ADFSPVQGSEQGGHRPVVIIQNDTGNKYSPTCICA INKAKIPTHVEIEKKKYKFDKDSVILLE
+++ +++++++++++++++++++++++++++++++ ++++++++++++ ++ ++++++++++
1 TRGDVFYADLNPVVGSEQGGVRPVLIIQNDIGNKYSPTVIVAAITSKINKAKLPTHVEIAASESNLEKDSVILLE
QIRTLDKKRLKEKLTYLSDEKM
++++++++++ ++++
76 QIRTIDKKRLQRHVTHLDNGIIEKVDEAIEISL