Занятие 12.PSI-BLAST.

Задание 1.

AC белка	ID белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
P18196	MINC_ECOLI	5	162	0.005	0.006	886	2e-05	0.15
P0A832	SSRP_ECOLI	1	514	3e-10	5.6	514	3e-10	5.6
P17265	RP5M_RHIME	3	14	0.001	0.12	25	9e-15	0.14
P96622	ENDOA_BACSU	3	12	7e-04	0.57	19	1e-08	1.4

В первом случае разрыв E-value изменился незначительно,причем после 5 интерации список не стабилизировался, в остальных белках значительно увеличлся. Это связано с тем, что в первом белке есть неспецифичные участки, которые встречаютя в большом количестве белков, что приводит к появлению "лишних" последовательностей.

Задание 2.

AC белка	ID белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
			Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
P18196	MINC_ECOLI	2	155	0.001	0.002	188	3e-10	0.001

При Е-value= 0.001 список стабилизировался после 2-й итерации, так как Е-value стало меньше (т.о. параметры поиска строже), то меньше вероятности появления в списке случайной последовательности.

При подстановке Е-value= 0.002 список стабилизируется после 2 интерации, если из него убрать последний белок с идентичностью в 25%