Занятие 5. Выравнивание последовательностей



Задание 1.

Выравнивание 2 последовательностей в программе GeneDoc

Процент идентичности составляет 63,63% (14\22), процент сходства так же 63,63%(14\22).


Задание 2.

Координаты последовательности seq1 в полной последовательности белка ENDOA_BACSU, определенные программой bl2seq: 43-62.


Задание 3.

С помощью программы "bl2seq" были выровнены белки: ENDOA_BACSU (Organism: Bacillus subtilis) и C8KAC9_LISMO (Organism: Listeria monocytogenes F6900). Оказалось, что процент идентичности (Identities) равен 91/115 (80%), процент сходства (Positives) составляет 108/115 (94%), Gaps = 1/115 (0%), число гэпов - 1. Координаты выровненных участков: 2-116 (для Endoa_bacsu) и 1-114 (для C8KAC9_lismo).

Карта локального сходства белков ENDOA_BACSU и C8KAC9_LISMO























© SHADRINA О. А. 2010