Занятие 6. Пакет EMBOSS. Программы парного выравнивания

Задание 1.

seq1

I

V

A

A

-

I

T

A

Q

I

Q

K

-

A

K

L

P

T

H

V

E

I

seq2

I

-

A

E

K

I

T

A

I

I

G

K

L

A

G

W

P

T

H

V

E

I

Bec

4

-12

4

-1

-12

4

5

4

-3

4

-2

5

-12

4

-2

-2

7

5

8

4

5

4

Вес выравнивания: 21

Задание 2.

Выравнивания, из задания 1 и выполненное с помощью программы "stretcher", не совпали, вес выравнивания, сделанного "stretcher" оказался больше - 40.
Length: 21
Identity: 13/21 (61.9%)
Similarity: 13/21 (61.9%)
Gaps: 1/21 ( 4.8%)

seq1

I

V

A

A

I

T

A

Q

I

Q

K

-

A

K

L

P

T

H

V

E

I

seq2

I

A

E

K

I

T

A

I

I

G

K

L

A

G

W

P

T

H

V

E

I

Вес выравнивания: 40

Задание 3.

a. С помощью программы "water" сделано частичное выравнивание белков: ENDOA_BACSU и C8KAC9_LISMO. Координаты выровненных участков: 2-116 (для Endoa_bacsu) и 1-114 (для C8KAC9_lismo).

b. Частичное и полное (на том же участке, что и частичное) выравнивание оказались одинаковыми. Разница между ними заключается лишь в том, что в полном выравнивании напротив первой аминокислоты белка ENDOA_BASCU в последовательности второго белка стоит гэп.

с. Вес обоих выпавниваний одинаковый - 469.

Вырывнивание программой "stretcher"
Выравнивание программой "water"
Выравнивание программой "needle"