Задание 1.
Изображено множественное выравнивание (Muscle,GeneDoc) малых дельта-антигенов.
Синий фон с белыми буквами означает, что аминокислоты в колонке из одной группы или одинаковы, голубой фон с белыми буквами -
что почти все аминокислоты в колонке одинаковы (присутствуют буквы (до 4) из других групп), серый фон с фиолетовыми буквами
означает, что по большей части буквы в колонке одинаковы, но возможны и другие из разных групп.
Звездочки обозначают каждую десятую колонку выравнивания,не кратную 20, большие буквы - колонку из одинаковых букв, маленькие - из
большинства одинаковых и нескольких букв другой группы, цифры - из большинства одинаковых и нескольких букв той же группы, означают значение консервативной позиции, присваивающейся ей в настройках GeneDoc.
Primary Colors (100) Темно синий фон, белые буквы
Secondary Colors (80) Голубой фон, белые буквы
Tertiary Colors (60) Серый фон, фиолетовые буквы
Base Colors - белый фон, черные буквы
Задание 2.
При выборе гомологов белка ENDOA_BACSU возникли трудности: число найденных гомологов не слишком велико, а среди них преимущественно одинаковые белки из родственных организмов, поэтому наиболее информативны выравнивания первых 4 белковых последовательностей.
Участки с повышенной долей консервативных позиций: 26-30 столбцы выравниваний (5-9 АК в ENDOA_BACSU), 39-51 (18-30), 100-105 (79-84). Участки, где выравнивание недостоверно: 106-121 ак в общем выравнивании (85-116 в ENDOA_BACSU).
Группы аминокислот, образующие функционально консервативные позиции: DN (Asp-Asn), EQ (Glu-Gln), ST (Ser-Thr), KR (Lys-Arg), FYW (Phe-Tyr-Trp), LIVM (Leu-Ile-Val-Met). Наиболее часто встречающиеся: KR(4), LIVM(6). При добавлении новой консервативной позиции DE (7) координально ничего не поменялось, лишь увеличился на единицу достоверный участок: его новое значение 99-105 (78-84).