Задание 1. Знакомство со структурой банка EMBL посредством поисковой системы SRS
- Дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL: 8 сентября 2011. Количество записей: 71833235.
- Список классов ("Data Class") банка EMBL:
- CON: Constructed sequence
- EST: Expressed Sequence Tag
- GRV: Genome Reviews
- GSS: Genome Survey Sequence - 32578894
- HTC: High Throughput cDNA sequencing - 533398
- HTG: High Throughput Genome sequencing - 145701
- MGA: Mass Genome Annotation
- PAT: Patent - 22346593
- SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
- STD: Standard - 11737741
- STS: Sequence Tagged Site - 1322285
- TSA: Transcriptome Shotgun Assembly - 3168623
- WGS: Whole Genome Shotgun
Не проиндексированы в SRS записи следующих классов: CON, EST, GRV, MGA, SET, WGS (хотя данный банк не содержит записи из классов CON и WGS основного резила EMBL, поэтому число записей в них должно равняться нулю).
- Список разделов ("Divisions") банка EMBL:
- ENVb>: Environmental Samples (образцы из окружающей среды, выращивать которых нет цели и полную таксономию которых невозможно определить) - 6637887
- FUN: Грибы - 2219095
- HUM: Человек - 10687844
- INV: Беспозвоночные - 5906093
- MAM: Другие млекопитающие - 5765536
- MUS: Домовая мышь - 4779883
- PHG: Бактериофаги - 8082
- PLN: Растения - 17132180
- PRO: Прокариоты - 1467025
- ROD: Грызуны - 1265394
- SYN: Синтетические конструкции - 3632878
- TGN: Трансгенные (генетически модифицированные) организмы - 265545
- UNC: Неклассифицированные (не отнесенные к другим таксономическим разделам) записи - 7500493
- VRL: Вирусы - 1177936
- VRT: Другие позвоночные - 3387364
Задание 2. Описание гена HLA-G в записи банка EMBL
Haправление обратное.
Число кодирующих участков: 6
Длина первого из них: 73
Последнего: 5
Длина 1-го интрона: 129
Последнего: 445
Задание 3. Нахождение белка по фрагменту гена
При помощи seqret был вырезан участок , в файл HLA_G.fasta
Чтобы найти соответствующий белок, я выбрала программу BLASTX.
На вход программе - получившуюся fasta-последовательность, выполнить поиск по Swiss-Prot. Один из найденных белков - подходящий -
P17693 (HLAG_HUMAN)(HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G), на позициях 208-298 ао.
Задание 4. Ссылки из записи Endoa_bacsu банка Swiss-Prot на записи банка EMBL
Ссылки: AB001488; BAA19303.1; AL009126; CAB12273.1;
| ID записи |
Тип молекулы |
Класс данных |
Дата внесения в банк |
Описание |
Длина п-ти |
| EMBL:AB001488 |
genomic DNA |
STD |
13-MAR-1997 |
Bacillus subtilis genome sequence, 148 kb sequence of the region between 35 and 47 degree. > |
148068 |
| EMBL:AL009126 |
genomic DNA |
STD |
18-JUL-2002 |
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 complete genome. |
4215606 |
Запись от 2002 года соответствует полному геному Bacillus subtilis,
а от 1997 года участку бактериальной хромосомы, содержащему искомую последовательность.
Последовательности имеют разную длину, были секвенированы в разное время
(чем ближе к настоящему времени, тем последовательность длиннее, что связано с появлением новых, улучшенных технологий секвенирования.