Задание 1. Поиск в геноме L. monocytogenes участков, кодирующих белки, похожие на ENDOA_BACSU Был найден всего лишь один участок, кодирующий гомологичный белок.
Задание 2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN Находка: >EM_PRO:AB000519 AB000519.1 Streptomyces sp. DNA for sorbitol oxidase, complete cds. Length = 1557 Score = 357 bits (180), Expect = 3e-96 Identities = 180/180 (100%) Strand = Plus / Plus Query: 1 ggcgtgggcaaccgctcattggcgggcgcggtgcgtgccctctccctggtgacggccgac 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct: 571 ggcgtgggcaaccgctcattggcgggcgcggtgcgtgccctctccctggtgacggccgac 630 Query: 61 ggggagacgcgcaccctgcggcgcaccgacgaggacttcgcgggcgcggtcgtctccctc 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct: 631 ggggagacgcgcaccctgcggcgcaccgacgaggacttcgcgggcgcggtcgtctccctc 690 Query: 121 ggcgccctcggcgtggtgacgtcgctggaactcgacctcgtgcccgccttcgaggtgcgc 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct: 691 ggcgccctcggcgtggtgacgtcgctggaactcgacctcgtgcccgccttcgaggtgcgc 750
а) В записи EMBL AB000519 присутствует эта последовательность; FT source 1..1557 FT /organism="Streptomyces sp." FT /strain="H-7775" FT /mol_type="genomic DNA" FT /db_xref="taxon:1931" FT CDS 211..1473 FT /codon_start=1 FT /transl_table=11 FT /gene="SOX" FT /product="sorbitol oxidase" FT /function="sorbitol metabolism" FT /db_xref="GOA:P97011" FT /db_xref="InterPro:IPR006094" FT /db_xref="InterPro:IPR007173" FT /db_xref="InterPro:IPR016166" FT /db_xref="InterPro:IPR016168" FT /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:P97011" FT /protein_id="BAA19135.1" FT /translation="MTPAEKNWAGNITFGAKRLCVPRSVRELRETVAASGAVRPLGTRH FT SFNTVADTSGDHVSLAGLPRVVDIDVPGRAVSLSAGLRFGEFAAELHARGLALANLGSL FT PHISVAGAVATGTHGSGVGNRSLAGAVRALSLVTADGETRTLRRTDEDFAGAVVSLGAL FT GVVTSLELDLVPAFEVRQWVYEDLPEATLAARFDEVMSAAYSVSVFTDWRPGPVGQVWL FT KQRVGDEGARSVMPAEWLGARLADGPRHPVPGMPAGNCTAQQGVPGPWHERLPHFRMEF FT TPSNGDELQSEYFVARADAVAAYEALARLRDRIAPVLQVSELRTVAADDLWLSPAHGRD FT SVAFHFTWVPDAAAVAPVAGAIEEALAPFGARPHWGKVFSTAPEVLRTLYPRYADFEEL FT VGRHDPEGTFRNAFLDRYFRR" Задание 3. Поиск гомологов гена белка ENDOA_BACSU (ydcE) программой BLASTN Программа BLASTN обнаружила 3 "гомологичных" участка с наименьшим E-value 0,82, причем их длины 16, 16 и 22. То есть ни о каком гене, гомологичном ydcE, не может идти и речи. В данном случае использование BLASTN не эффективно. |