Занятие 6. "Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями"

Задание 1. Поиск в геноме L. monocytogenes участков, кодирующих белки, похожие на ENDOA_BACSU

Был найден всего лишь один участок, кодирующий гомологичный белок.

Число находок с E-value < 0,001	1
E-value лучшей находки	9e-42
Название последовательности с лучшей находкой	AL591977 Listeria monocytogenes strain EGD, complete genome, segment 5/12
Координаты лучшей находки (от-до)	36511- 36855
Процент последовательности белка, вошедший в выравнивание с лучшей находкой	100%

Задание 2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

Находка:

>EM_PRO:AB000519 AB000519.1 Streptomyces sp. DNA for sorbitol oxidase, complete cds.
          Length = 1557

 Score =  357 bits (180), Expect = 3e-96
 Identities = 180/180 (100%)
 Strand = Plus / Plus

                                                                       
Query: 1   ggcgtgggcaaccgctcattggcgggcgcggtgcgtgccctctccctggtgacggccgac 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 571 ggcgtgggcaaccgctcattggcgggcgcggtgcgtgccctctccctggtgacggccgac 630

                                                                       
Query: 61  ggggagacgcgcaccctgcggcgcaccgacgaggacttcgcgggcgcggtcgtctccctc 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 631 ggggagacgcgcaccctgcggcgcaccgacgaggacttcgcgggcgcggtcgtctccctc 690

                                                                       
Query: 121 ggcgccctcggcgtggtgacgtcgctggaactcgacctcgtgcccgccttcgaggtgcgc 180
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 691 ggcgccctcggcgtggtgacgtcgctggaactcgacctcgtgcccgccttcgaggtgcgc 750

FT   source          1..1557
FT                   /organism="Streptomyces sp."
FT                   /strain="H-7775"
FT                   /mol_type="genomic DNA"
FT                   /db_xref="taxon:1931"
FT   CDS             211..1473
FT                   /codon_start=1
FT                   /transl_table=11
FT                   /gene="SOX"
FT                   /product="sorbitol oxidase"
FT                   /function="sorbitol metabolism"
FT                   /db_xref="GOA:P97011"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR006094"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR007173"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR016166"
FT                   /db_xref="InterPro:IPR016168"
FT                   /db_xref="UniProtKB/TrEMBL:P97011"
FT                   /protein_id="BAA19135.1"
FT                   /translation="MTPAEKNWAGNITFGAKRLCVPRSVRELRETVAASGAVRPLGTRH
FT                   SFNTVADTSGDHVSLAGLPRVVDIDVPGRAVSLSAGLRFGEFAAELHARGLALANLGSL
FT                   PHISVAGAVATGTHGSGVGNRSLAGAVRALSLVTADGETRTLRRTDEDFAGAVVSLGAL
FT                   GVVTSLELDLVPAFEVRQWVYEDLPEATLAARFDEVMSAAYSVSVFTDWRPGPVGQVWL
FT                   KQRVGDEGARSVMPAEWLGARLADGPRHPVPGMPAGNCTAQQGVPGPWHERLPHFRMEF
FT                   TPSNGDELQSEYFVARADAVAAYEALARLRDRIAPVLQVSELRTVAADDLWLSPAHGRD
FT                   SVAFHFTWVPDAAAVAPVAGAIEEALAPFGARPHWGKVFSTAPEVLRTLYPRYADFEEL
FT                   VGRHDPEGTFRNAFLDRYFRR"