Задание 1. Описание функции белка ENDOA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где? | Cellular Component | 0 | |
| Зачем, для чего? | Biological Process | 1 | Гидролиз фосфодиэфирной связи нуклеиновых кислот - метаболический процесс нуклеиновых кислот, в котором путем гидролиза расщепляются фосфодиэфирные связи между нуклетидами |
| Молекулярный механизм? | Molecular Function | 5 |
ДНК-связывание -любая молекулярная функция, с помощью которой продукт гена избирательно связывается с ДНК
РНК-связывание - избирательное, нековалентное взаимодействие с РНК или ее частью
Нуклеазная активность - катализирование гидродиза эфирной связи в нуклеиновых кислотах
Эндонуклеазная активность - катализирование гидролиза эфирной связи в нуклеиновых кислотах: создание внутренних разрывов Гидролазная активность - катализирование гидролиза связей различного типа: C-O, C-N, C-C, связей фосфорного ангидрида и т.д. Гидролазы - систематичекое название для любого фермента класса ЕС |
| Специфичность? | 0 |
Задание 2. Описание 3 терминов GO, ассоциированных с ENDOA_BACSU
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи | Изображение графов родительских терминов |
|---|---|---|---|---|
| GO:0090305 | Exact: расщепление нуклеиновых кислот | is_a (inferred) biological_process (GO:0008150) cellular process (GO:0009987) cellular metabolic process (GO:0044237) metabolic process (GO:0008152) nitrogen compound metabolic process (GO:0006807) cellular nitrogen compound metabolic process (GO:0034641) primary metabolic process (GO:0044238) nucleobase-containing compound metabolic process (GO:0006139) nucleic acid metabolic process (GO:0090304) Для всех тип связи - is_a |
cleavage involved in rRNA processing (GO:0000469) DNA fragmentation involved in apoptotic nuclear change (GO:0006309) gene conversion at mating-type locus, DNA double-strand break formation (GO:0000728) meiotic DNA double-strand break formation (GO:0042138) mRNA cleavage (GO:0006379) nucleotide-excision repair, DNA incision (GO:0033683) snoRNA 3'-end cleavage (GO:0043145) tRNA 3'-trailer cleavage (GO:0042779) Для всех тип связи - is_a |
Изображение |
| GO:0004519 | нет |
molecular_function (GO:0003674) catalytic activity (GO:0003824) hydrolase activity (GO:0016787) hydrolase activity, acting on ester bonds (GO:0016788) nuclease activity (GO:0004518) Для всех тип связи - is_a |
endodeoxyribonuclease activity (GO:0004520) endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters (GO:0016894) endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 5'-phosphomonoesters (GO:0016893) endoribonuclease activity (GO:0004521) T/G mismatch-specific endonuclease activity (GO:0043765) Для всех тип связи - is_a |
Изображение |
| GO:0003677 |
related: microtubule/chromatin interaction narrow: plasmid binding |
molecular_function (GO:0003674) binding (GO:0005488) nucleic acid binding (GO:0003676) Для всех тип связи - is_a |
base pairing with DNA (GO:0000497) damaged DNA binding (GO:0003684) DNA binding, bending (GO:0008301) DNA clamp loader activity (GO:0003689) DNA topoisomerase activity (GO:0003916) DNA translocase activity (GO:0015616) recombination hotspot binding (GO:0010844) regulatory region DNA binding (GO:0000975) sequence-specific DNA binding (GO:0043565) structure-specific DNA binding (GO:0043566) Для всех тип связи - is_a |
Изображение |
Задание 3. Описание протеома бактерии Thermobifida fusca YX , используя термины GO.
Полное число белков в протеоме - 3085 , из них 2052 приписан хоть один термин GO (66,5%)
Частота встречаемости терминов из различных словарей:
P - Biological Process - 1405
C - Cellular Component - 846
F - Molecular Function - 3446
Самые часто встречающиеся термины:
| Словарь | Кол-во | Термин |
| F | 329 | ATP binding |
| С | 206 | cytoplasm |
| C | 199 | integral to membrane |
| F | 194 | DNA binding |
| C | 113 | plasma membrane |
| F | 112 | metal ion binding |
| P | 96 | transcription, DNA-dependent |
| P | 66 | regulation of transcription, DNA-dependent |
| P | 61 | translation |
Стоит отметить, что полученные статистические данные относительно частоты встречаемости достаточно предсказуемы. Ведь и на самом деле, в каждом компоненте клетки происходит некоторое кол-во процессов, каждый из которых состоит из множества разных ступеней, на которых выполняются различные молекулярные функции. Поэтому ряд частоты встречаемости терминов из словарей C < P < F соответствует действительности. Что касается самых распространенных терминов, то исходя из того, что для всех процессов нужна энергия, значит нужно много белков, участвующих в связывании АТФ в различных процессах. Учитывая, что вся жизнедеятельность клетки целиком и полностью сопряжена с ДНК, транскрипцией и трансляцией - то и тут никаких "претензий" нет. "Популярность" функции связывание с ионом металла можно объяснить тем, что именно металлы часто оказываются активным центром разных ферментов.
Для ответов на поставленные вопросы использовалась таблица
Задание 4.Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Был задан таксон - картофель
Ранг : вид
Русское название: картофель
Английское название: potato
Латинское название: Solanum tuberosum
Идентификатор в БД Taxonomy NCB (NCBI_TaxID): 4113
Была задана функция - трансляция
Английское название: translation
Идентификатор GO: GO:0006412
Словарь: biological process (Р)
Поиск всех белков из заданного таксона с таким идентификатором GO
Запрос: (([uniprot-NCBI_TaxId:4113*] & ([uniprot-DbName:GO*] > parent )) & ([uniprot-DBxref:GO:0006412*] > parent ))
Кол-во находок: 127
Сохраненные fasta-последовательности найденных белков картофеля, имеющих идентификатор GO:0006412 (трянсляция)